新修订的《行政诉讼法》正式确定了由检察机关为主导的检察行政公益诉讼制度,在总结试点经验的基础上,继续保留了诉前程序的制度设计,并在制度层面予以一定的完善。立法者希望通过诉前程序的设立督促行政机关主动纠正违法行为或积极履行职责,以实现司法分流,节约司法资源之目的。其理念是用最少的司法资源实现公益保护。法律实务中对检察行政公益诉讼的探索和实践初见成效,其地位和作用日趋重要,公益诉讼的快速发展凸显了行政公益诉讼的制度优势。通过实证研究发现,诉前程序是公益诉讼案件办理和有效结案的主要方式,九成以上的行政机关能够在诉前程序中主动自我纠错、依法履行职责。同时行政公益诉讼诉前程序制度作为一项尚不成熟的制度,在实践中存在诸多问题,这是无法避免的,关键在于如何准确找准问题定性进行完善。本文通过对两年试点期间和行政公益诉讼正式全面施行以来的办案数据进行归纳分析,总结出行政公益诉讼诉前程序在实践中存在的问题。首先是诉前程序中最重要的检察建议普遍存在质量不高、说理性不足;其次行政机关依法全面履职的判定标准不明确以及对检察建议的回复履职期限过于僵化;最后是诉前程序与诉讼程序衔接不畅,不利于实现检察建议的刚性监督和公共利益的及时保护。为解决上述难题,本文通过对域外的相关实践经验与理论成果的探索,如美国诉前通知程序、日本监察请求程序等,为我国行政公益诉讼诉前程序的完善寻找实践和理论支持。同时对裁判文书网及最高人民检察院发布的典型案例进行分析,对检察机关提起行政公益诉讼的原因进行归纳总结并提出合理化建议。鉴于行政公益诉讼案件的复杂性和行政机关的执法专业性,应当强化检察建议的说理性,侧重于对行政机关的整改方向提出建议,保障行政机关的自由裁量权;考虑到特殊领域的公益损害短时间内难以得到完全的恢复和救济,判定行政机关是否履职应当以行政机关是否穷尽救济手段及遭受损害的公共利益是否因此得到明显改善,并为行政机关设置弹性更大的履职期间,以便更好地维护受损公益。在明确履职标准、完善履职期限的前提下,更利于检察机关准确把握提起行政公益诉讼的时机,但仍需注意检察建议和诉讼请求之间的关联性,防止出现程序空转。