自2011年，国务院正式批复中原经济区规划以来，中原经济区的建设也进入到了快速发展的阶段，中原经济区内各地方政府为了中原经济区建设的发展在各个领域都进行了合作，出台了一系列的相关政策措施，由于中原经济区涵盖了五省多市及县、区，也就意味着中原经济区的建设涉及到了多个省、市、县及区的地方政府，因此就需要这些地方政府在中原经济区建设过程中进行政府间合作时能够实现有效的协调从而能够使中原经济区建设合理有序的进行，使得中原经济区的利益能够得到最大化。目前，从中原经济区建设的过程来看，各地方政府间的合作意识越来越强，并且也出台了一系列促进中原经济区建设发展的相关政策措施，在基础设施方面也逐渐完善，中原经济区首届市长联席会议也成功召开；然而，在取得种种成果的同时，也不可避免的存在着一些问题，那就是中原经济区内政府间的协调问题，主要表现在存在地方保护主义，政府协调存在困难，政府间签订的协定缺乏约束力，在制度监管方面存在漏洞，监管不够，政府间合作时信息不对称，合作不通畅，导致交易成本的增加，政府间合作时会产生公共产品或服务供给不足的等政府间合作不协调的问题。从深层次来看，导致这些问题的原因主要有：行政壁垒限制导致政府间协调困难；缺乏完善的制度性基础；缺乏可靠有力的法律保障以及政府提供公共产品或服务时供给主体单一。为了根据中原经济区建设的现状，来构建符合中原经济区建设，促进中原经济区发展的政府间协调机制。加强中原经济区的政府间协调问题主要有下几个方面的对策建议：第一，淡化行政区意识，强化经济区观念；其次，要组建地方政府间协调机构；第三，要完善利益协调机制；最后，要建立健全法律法规。通过对中原经济区内各地方政府间协调问题的研究，可以使各地方政府能够脱离独立发展、闭门造车的现状，转变经济发展模式，实现有独立到合作的发展，同时也充分发挥地方政府对中原经济区建设的重要作用。