当前，我国经济结构和增长模式正在深度调整，以科技进步和创新为引领的新兴产业蓬勃发展，新一轮科技革命和产业革命蓄势待发。科技创新能力在广东经济发展中的地位和作用显著提升，但作为推动广东经济发展的主力军，中小企业的总体科技水平特别是自主创新能力还有待提高。本文首先对中小企业的概念、自主创新的内涵进行了界定，在此基础上对政府支持中小企业自主创新的原因作了经济学角度的解释，并分析和介绍了通过财税政策支持中小企业自主创新的作用机理和相关政策工具。然后，从分析广东省当前中小企业面临的难题入手，找出政府财税政策上存在的问题：政府资助不能满足需求、融资担保的财政政策不到位、政府采购总体规模不足以及税收优惠政策设计不合理。通过借鉴国内和国外相关的经验，结合财税政策支持中小企业自主创新的理论基础，提出了进一步完善广东支持中小企业自主创新的建议：增加政府对中小企业自主创新的资金投入；加大融资担保财政政策的力度；加大政府采购对企业自主创新的激励；直接税收优惠政策与间接税收优惠政策相结合；加大对研发环节的优惠力度；完善对科技创新人才的优惠政策；建立财税优惠政策的绩效评价机制。