乳腺癌患者乳腺肿瘤组织、腋窝肿瘤转移和无转移淋巴结、外周血之间T细胞TCRβ链CDR3受体库的比较

来源 :遵义医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:hgs061268109
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目的:  分析和比较乳腺癌患者乳腺肿瘤组织、腋窝肿瘤转移和无转移淋巴结、外周血样本中的T细胞TCRβ链 CDR3(Complementarity determining region3)受体库的组成和特征,初步探讨乳腺癌患者T细胞免疫应答的空间异质性。  方法:  12名乳腺癌临床志愿患者来源于遵义医学院附属医院甲乳外科,具有腋窝淋巴结转移,临床分期Ⅱ期,筛选标准符合NCCN(美国国立综合癌症网络)乳腺癌指南和AJCC(美国癌症联合委员会)乳腺癌诊断标准,乳腺癌志愿患者遵从患者知情同意原则。  2采集2例乳腺癌志愿患者乳腺肿瘤组织、腋窝肿瘤转移和无转移淋巴结及外周血(EDTA-K2抗凝)样本,分离外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC),并提取所有样本的总 DNA。样本序列号命名为患者1(patient1,P1)的乳腺肿瘤组织样本(P1-1),腋窝肿瘤转移淋巴结样本(P1-2),腋窝无肿瘤转移淋巴结样本(P1-3),外周血样本(P1-4),患者2(patient2,P2)的乳腺肿瘤组织样本(P2-1),腋窝肿瘤转移淋巴结样本(P2-2),腋窝无肿瘤转移淋巴结样本(P2-3),外周血样本(P2-4)。  3人T细胞TCRβ链CDR3建库和高通量测序(High-throughput sequencing,HTS):Illumina Solexa HTS测序出各样本CDR3序列,CDR3受体库的制备、测序和质控均由美国华盛顿医学院Adaptive Biotechnologies ImmunoSEQ完成。  4 T细胞TCRβ链CDR3受体库组成和特征分析:测序后获得的原始数据上传至免疫遗传学数据库(Immunogenetics database,IMGT),根据 IMGT数据库HighV-QUEST软件和VBA编程等,初步分析各样本T细胞TCRβ链CDR3受体库的TRBV、TRBJ家族分布及 CDR3区特征等,序列的分析与储存在 EXCEL(2010版本)中完成并通过Graphpad prism5软件作图。  结果:  12名乳腺癌志愿患者八个样本总 DNA在琼脂糖凝胶电泳预测位置出现清晰的条带,经Adaptive Biotechnologies ImmunoSEQ检测,八个样本总DNA在浓度和总量上均达到建库测序要求。  2各样本 T细胞 TCRβ链 CDR3受体库 HTS测序所得原始序列经IMGT/HighV-QUEST分析后结果如下:P1乳腺肿瘤组织、腋窝肿瘤转移淋巴结、腋窝无肿瘤转移淋巴结、外周血样本T细胞TCRβ链CDR3序列总数/独特序列数分别为:796056条/8131条,1040216条/5719条,1767820条/31132条,1715292条/14270条;P2乳腺肿瘤组织、腋窝肿瘤转移淋巴结、腋窝无肿瘤转移淋巴结、外周血样本 T细胞 TCRβ链 CDR3序列总数/独特序列数分别为:1556849条/17320条,1673041条/80653条,1335602条/43757条,1472189条/31276条。  3 P1和P2乳腺肿瘤组织、腋窝肿瘤转移淋巴结、腋窝无肿瘤转移淋巴结、外周血样本表现出不同的TCRβ链CDR3受体库克隆,在不同的组织部位存在特异性的TRBV高频取用。  4对各样本排名前10的克隆序列分析发现P1乳腺肿瘤组织和腋窝肿瘤转移淋巴结存在相同的优势配对TRBV10-3-TRBJ1-5,P2乳腺肿瘤组织和腋窝肿瘤转移淋巴结存在相同的优势配对TRBV27-TRBJ1-5,与腋窝无转移淋巴结和外周血不同。  5每例患者乳腺肿瘤组织、腋窝肿瘤转移淋巴结、腋窝无肿瘤转移淋巴结、外周血样本T细胞TCRβ链CDR3受体库各个样本之间有着不同比例的CDR3重叠。其中,乳腺肿瘤组织与腋窝肿瘤转移淋巴结重叠相对较高,在乳腺肿瘤组织、腋窝肿瘤转移淋巴结、腋窝无肿瘤转移淋巴结和外周血的重叠序列中,乳腺肿瘤组织高频表达的序列在外周血表达较低。  结论:  乳腺癌患者乳腺肿瘤组织、腋窝肿瘤转移淋巴结、腋窝无肿瘤转移淋巴结和外周血中,T细胞TCRβ链CDR3受体库分别有着独特的组成和特征,T细胞CDR3受体库的这种空间异质性提示乳腺癌患者局部和全身有着不同的T细胞免疫应答,可为乳腺癌的免疫机制、免疫防治研究提供基础数据和新的研究思路和技术。
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