【摘 要】
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海草床是近海三大典型生态系统之一,具有重要的生态系统服务价值。近年来,因自然因素和人为活动干扰影响,全球海草床衰减严重,一些海草种类趋于濒危。贝克喜盐草分布于印度洋-太平洋沿海地区,被IUCN列为易危物种。种群遗传分析可以提供种群遗传结构和历史动态信息,为了解致濒原因、制定保护规划提供重要依据。本研究对华南沿海9个贝克喜盐草种群采样,通过简化基因组测序技术获得SNP位点,以分析贝克喜盐草种群遗传结
【基金项目】
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广西自然科学基金青年基金（2018JJB150100）“易危海草贝克喜盐草的遗传多样性及维持机制”；
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海草床是近海三大典型生态系统之一,具有重要的生态系统服务价值。近年来,因自然因素和人为活动干扰影响,全球海草床衰减严重,一些海草种类趋于濒危。贝克喜盐草分布于印度洋-太平洋沿海地区,被IUCN列为易危物种。种群遗传分析可以提供种群遗传结构和历史动态信息,为了解致濒原因、制定保护规划提供重要依据。本研究对华南沿海9个贝克喜盐草种群采样,通过简化基因组测序技术获得SNP位点,以分析贝克喜盐草种群遗传结构与历史动态,为贝克喜盐草的保护与修复提供支持。主要结果如下:（1）共对157份贝克喜盐草样品进行简化基因组测序,得到366.809G下机数据,平均每个个体数据量约2.322G,平均GC含量为43.79%,Q30值的平均值为91.83%,测序质量良好;经过De novo组装和严格过滤后,获得15,270个非连锁的SNPs,去除不符合哈温平衡位点后,尚有2,460个SNPs。（2）基于15,270个SNPs评估贝克喜盐草遗传多样性,结果显示华南沿海贝克喜盐草种群的平均期望杂合度（HE=0.0831）、平均观测杂合度（Ho=0.0548）以及平均核苷酸多态性（π=0.0880）均处于较低水平,其中遗传多样性最高的种群是广东唐家湾种群（TJW）,最低种群是海南红牌港种群（HPG）。（3）基于2,460个SNPs的Admixture、PCA、系统发育树分析均支持9个贝克喜盐草种群聚为2个遗传类群,其中广东唐家湾种群（TJW）和广东义丰溪种群（YFX）聚为1类（group1）,广东溪头镇种群（XTZ）、海南东寨港种群（DZG）、海南福留村种群（FLC）、海南红牌港种群（HPG）、海南洋浦村种群（YPC）以及广西交东村种群（JDC）聚为1类（group2）,而广东东海岛种群（DHD）是混合种群。种群间Fst在0.0304～0.6782之间,不同类群的种群间Fst范围为0.2655～0.6619,类群之间存在显著的遗传分化。AMOVA结果也显示类群间的遗传分化大于类群内种群间。（4）距离隔离分析结果表明9个贝克喜盐草种群间存在显著的距离隔离;而group2的种群不存在距离隔离模式。（5）利用Stairway plot2回溯种群历史发现,贝克喜盐草种群规模在13,000年前出现明显收缩,此时间与末次盛冰期末期海平面快速上升时间（18,000年前-6,000年前）对应,说明海平面变化影响到贝克喜盐草种群规模。基于上述的种群遗传学研究,我们提出以下几点保护建议:我们建议应把贝克喜盐草加入中国濒危植物保护名录进行保护。在实际保护中,将华南沿海地区贝克喜盐草种群作为两个管理单元进行保护和管理;在移植修复过程,应选用同一遗传类群的贝克喜盐草种子或植株进行修复。
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