由于我国医药制造业发展起步晚、产业基础弱,因此我国该行业的技术创新水平与全球医药制造业仍然存在较大的差距。面对竞争激烈的市场环境,由仿制药向创新药转型是医药制造企业生存和发展的必由之路。但是,医药制造行业需要很高的创新水平,药品研发必须投入巨大的资源,同时可能面临着研发投资回收期长的问题,所以研发风险大。为鼓励企业能够增加对研发活动的投资,降低企业的研发成本和研发过程中可能产生的风险,我国政府出台研发费用加计扣除政策,并逐渐增加研发费用加计扣除力度,使得企业能够获取更多的税收优惠。在这样的背景下,该政策如何激励企业增加研发投入以及企业如何运用政策提高创新绩效值得研究。本文首先梳理了医药制造业与C公司的研发投入状况,并将医药制造业与C公司的研发费用加计扣除状况进行了剖析;然后,根据研发费用加计扣除政策影响企业创新绩效的作用机理,从C公司享受政策效果和充实内部研发现金流两个方面,详细分析研发费用加计扣除政策对C公司研发投入的影响,并在此基础上从C公司研发强度变化、研发人员数量与薪酬、研发项目的投入情况三个方面,对C公司的研发投入进行分析;再次,对C公司创新绩效进行评价;最后,结合C公司在研发创新活动中出现的具体问题提出有效的建议。本文得出了以下结论:第一,研发费用加计扣除政策大大增加了C公司对研发活动投入的积极性,而随着研发投入的增加,C公司以创新产出为指标的创新绩效亦在逐步提高,而以盈利能力、成长能力、竞争能力为指标的创新绩效的提升效果不明显;第二,C公司可以通过提升研发效率、加大研发投入力度、提升创新产出的市场转化能力来进一步强化自身的创新绩效。