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本研究采用扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP)标记对云南高原抚仙湖和星云湖水系中8个篦齿眼子菜(Potamogetonpectinatus L.)斑块的遗传多样性进行了检测和分析，同时调查了物种多样性特征。结果表明，篦齿眼子菜的遗传多样性水平较高，且物种水平的多样性要高于斑块内的多样性，生境间的遗传分化较大。筛选出的9对引物，总共得到510个位点，斑块平均多态性比例为59.22～78.24％。8个篦齿眼子菜斑块的Neis基因多样性指数为0.1766～0.2361，Shannon多样性指数为0.2701～0.3581。AMOVA分析表明，生境间居群遗传分化较大，其中总遗传多样性的41.36％来源于两湖间生境间的遗传变异，58.64％来源于生境内的遗传变异。UPGMA聚类分析和PCA分析进一步表明遗传分化主要来源于抚仙湖的4个斑块和星云湖的4个斑块间。生境间的基因流为0.3545，不足以维持两个湖泊间基因流及现有的遗传结构。Mantel检验表明居群遗传距离和地理距离并无相关性(Mantels r=0.259；P=0.182)。研究结果显示篦齿眼子菜斑块内遗传多样性与物种丰富度(Pearsons r=0.128；P=0.762)和物种均匀度(Pearsons r=0.178；P=0.674)均无相关性。斑块间遗传分化与物种丰富度(Mantels r=0.01；P=0.41)无相关性，但是斑块间遗传分化与物种均匀度差异之间存在显著相关性(Mantels r=0.798；P<0.01)。最后，我们推测环境能够影响篦齿眼子菜斑块间的遗传分化，并且提出可以将篦齿眼子菜作为受损水生生态系统中水生植被修复的先驱种。