21世纪美国安然等大公司陆续出现财务丑闻,均为涉嫌会计造假行为致使公司破产,因此,内部控制治理被提到了公司的议事日程,各国开始制定公司一系列内控方面的制度规范和法则,我国也是如此。为进一步强化风险管控,健全内部控制制度,国家相关部委、证券交易所等也对内部控制作出了相关规定。在科技日新月异的今天,企业管理逐步向智能化发展,公司在经营管理过程中的相关数据信息都通过计算机进行记录和存储,通过对共享数据的分析,监测、评价企业风险,建立科学有效的防范及修正措施,并对这些措施进行有效性的评估。由于,我国会计信息系统内部控制较发达国家启动较晚,目前我国企业的内部控制体系尚待完善,其规范性不容乐观,尤其是非上市公司的内部控制令人担忧,在这种情况下,迫切需要我们对论题进行研究。本文以内控五要素为线索,研究了信息系统的运用对会计内部控制的影响;从两者概念及发展现状出发,着重对系统的一般和应用两方面的控制进行理论研究,并对系统内控的特点进行说明。以GJJT公司为例,从公司基本情况、会计信息系统的演变进程和目前公司在用各类会计信息系统的业务流程进行说明,对GJJT公司基于信息化的会计内控57项内容进行问卷调查、分析,重点分析了内控建设中存在的问题,根据文章线索,对问题进行分析、归类,从控制环境方面、控制活动方面、监督方面提出GJJT公司与会计信息系统相关的内部控制需要改进的内容,具体涉及企业内控和信息系统的十一项问题。最后,对GJJT公司完善基于信息系统的会计内控体系建设上,回应提出的问题,仍以信息化会计系统内控五要素为线索,有针对性地从完善制度和体系建设、落实组织机构控制、利用会计人员职能控制、加强人员管理提高素质、规范程序的设计和操作控制、进行程序操作记录和流程控制、数据的输入、输出、安全及会计处理控制、强化安全管理和控制、完善档案管理控制、建立重点岗位人员轮岗制度、开展“三查三改”专项行动、发挥计算机信息系统审计的作用等十二个方面提出措施和建议,促进我国企业会计信息系统在内控规范性下逐步完善其体系建设。