太湖是位于长江三角洲区域的一个典型的大型、浅水湖泊。近年来,由于附近城市生活污水和工业废水的排放,已造成太湖水体中的养分越来越多,富营养化水平也在逐年升高。为了减少太湖水体中过多的养分,降低其富营养化的水平,种养水葫芦正作为一种有效的生物调控措施在营养水平较高的水域实施了起来。由于水葫芦具有快速增值和自由漂浮的特性,我们在水面上建起了大型围隔对其进行了圈养。水葫芦的这种工程应用在太湖中还是首次,它在吸收水体中养分的同时也避免了水葫芦的过度生长。水葫芦的生长和太湖水质的改善可能会对太湖的水生生态系统造成一定程度的影响。而浮游动物作为水生生态系统的重要组成部分,其种群动态是反应生态系统平衡的一个重要方面。本文通过调查浮游动物群落的变化来研究水葫芦的生长对水生生态系统可能造成的影响。同时,运用微卫星标记技术对浮游动物群落中的蚤状溞(Daphnia pulex)和汤匙华哲水蚤(Sinocalanus dorrii)的种群遗传结构进行了研究和分析。主要的结果如下：1、总共从33个样点的水样中鉴定出了浮游动物的22个属,其中枝角类有7个属,桡足类有5个属,轮虫有10个属,它们在水葫芦区(INE)、近区(ARE)和对照区(FAE)的分布是非常相似的；在三个区中,三类浮游动物的优势种是一致的；三类浮游动物的平均丰度在三个区中有不同的表现,枝角类和桡足类在水葫芦区和近区的平均丰度分别显著的(p<0.05)和一定程度的高于对照区,而轮虫在水葫芦区的平均丰度却显著的低于近区和对照区(p<0.05)；三类浮游动物的平均丰度在三个区中显示了相似的变化趋势；在三个区之间,每一类浮游动物的多样性指数也具有非常相似的表现。2、用8对微卫星引物对三个区中蚤状溞种群的遗传结构进行了分析,发现8个微卫星位点上的等位基因数在三个群体中的分布相似,包括基因的杂合度在三个群体之间都没有显示出显著性的差异(p>0.05)；所有位点的多态信息含量(PIC)都在0.5以上,均为高度多态位点,而且群体之间也没有检测出显著性的差异(p>0.05)。软件分析证明各位点之间不存在连锁不平衡,位点Dp321偏离哈迪-温伯格平衡(p<0.05),位点Dp50和Dp616显著偏离哈迪-温伯格平衡(p<0.001)。从平均遗传多样性水平来看,水葫芦区和近区都略高于对照区。三个群体之间的遗传相似性系数都比较高,遗传距离都比较近,但水葫芦区和近区群体间的遗传距离更近一些。3、利用磁珠富集法筛选得到的5对微卫星多态引物分别对水葫芦区、近区和对照区中汤匙华哲水蚤的自然群体进行遗传结构分析,结果表明三个群体在5个位点的等位基因数相差不大,基因杂合度都相对较高,多态信息含量值(PIC)均高于0.5,为高度多态位点,统计分析发现三个群体之间在遗传多样性方面没有显著性的差异(p>0.05)。软件检测证明各位点间不存在连锁不平衡(LD),位点TC152显著偏离哈迪一温伯格平衡(p<0.001)。水葫芦区和近区的平均遗传多样性均略高于对照区。三个群体之间的遗传相似性系数(Ⅰ)相对较高,遗传距离(Ds)较近,而水葫芦区和近区群体间的遗传距离最近。主要结论：1)工程应用的水葫芦没有显著的改变浮游动物的群落结构、丰富度、多样性及动态变化趋势；2)蚤状溞种群和汤匙华哲水蚤种群的遗传结构及遗传多样性的微卫星标记分析结果显示,水葫芦的工程应用对浮游动物优势种群的遗传结构亦不会产生明显的影响,更没有导致种群的遗传分化；3)浮游动物的群落结构水平与遗传结构水平的调查研究结果均显示,水葫芦的工程应用不会对水生生态系统造成严重的生态影响,是一种生态上安全的生物调控方法。这种生物调控方法在太湖这样一类温带湖泊的富营养化的治理中将会显示出巨大的应用潜力。