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本研究主要涉及两部分工作:重庆北碚区中华蟾蜍指名亚种寄生鞭毛虫的形态分类学研究;重庆部分地区鲫鱼寄生鳃隐鞭虫种群多样性及其鳃组织病理变化。中华蟾蜍指名亚种寄生鞭毛虫的形态分类学部分主要涉及重庆北碚区中华蟾蜍指名亚种肠道8种内寄生鞭毛虫,隶属于肉鞭门、鞭毛亚门。它们是:卵形后线虫(新种)Metanema ovula sp. nov.,切断沟滴虫Petalomonas abscissa (Dujardin, 1841) Stein, 1859,小沟滴虫Petalomonas minuta Hollande, 1942,蛙毛线虫Trichomitus batrachorum (Perty, 1852),堂皇三毛滴虫Tritrichomonas augusta (Alexeieff,1911),脆弱双核阿米巴Dientamoeba fragilis Jepps & Dobeel, 1918,肠六鞭毛虫Hexamita intestinalis Dujardin, 1841和巨大唇鞭虫Chilomastix giganta, Nie, 1948。其中卵形后线虫为科学上的新记录,切断沟滴虫、蛙毛线虫和巨大唇鞭虫为国内新记录;脆弱双核阿米巴为人、畜共患寄生鞭毛虫。鲫鱼寄生鳃隐鞭虫种群多样性及其鳃组织病理变化部分主要涉及寄生鲫鱼鳃上鳃隐鞭虫Cryptobia concava (Davis, 1947) 6种群的多样性研究和1种群鳃组织病理学研究。本研究对鳃隐鞭虫Cryptobia concava (Davis, 1947)进行了种的厘定。通过活体观察及病理切片研究了大量感染此鞭毛虫的病鱼鳃组织病理变化。鳃隐鞭虫Cryptobia concava作为病原,用其后鞭毛插入或粘附在寄主的鳃表皮组织里,破坏鳃小片上皮细胞,使寄主鱼鳃组织的形态学结构完整性遭到破坏,鳃组织发炎,阻碍血液正常循环,病鱼呼吸困难,严重时导致寄主鱼衰弱而死亡。本研究旨在为动物寄生虫学增添新内容,为建立我国原生动物病原防治的信息库提供必需的参考依据。