行政公益诉讼制度是《行政诉讼法》系统修改后首次修正的一项、也是唯一一项重要内容。虽然修正后的内容对行政公益诉讼的受案范围、诉前程序和提起主体作出了一般性规定,对行政公益诉讼的司法审判实务起到了权威性指导作用,但对于行政公益诉讼中的一些特殊问题,如诉讼主体资格及其范围、举证责任原则及其具体分配、公益诉讼特别审理程序等未作细致或进一步规定,导致在理论上存在诸多的不确定性和争议性问题,在司法实践中也容易产生适用上的混乱和矛盾。这其中,行政公益诉讼中各方举证责任的分配是尤为关键的问题,它决定着各诉讼主体的诉讼行为,指引着审判程序的具体运行,影响着公益诉讼审判结果的最终作出,可以说,其对整个行政公益诉讼制度根本任务的实现起着决定性的作用。本文从行政公益诉讼举证责任分配的基本理论分析入手,概述了行政公益诉讼的特殊性,比较了行政公益诉讼与传统行政诉讼及民事公益诉讼的异同。在上述理论分析的基础上,本文从理论方面、立法方面和司法实践等方面,阐述了我国行政公益诉讼举证责任分配的现状及缺陷。同时,为了扩大了比较的视野,本文介绍了德国、美国等几个典型国家的行政公益诉讼制度及其举证责任分配的具体规则。在以上理论阐述、现状分析和域外考察的基础上,本文提出了完善我国行政公益诉讼举证责任分配的相关措施,包括:应确立行政公益诉讼举证责任分配的特殊原则;采取“谁主张,谁举证”与“举证责任倒置”相结合的特殊举证责任分配机制;根据行政机关行政行为的类型来划定不同的举证责任主体及其举证责任范围;灵活运用专家辅助人制度,建立检察机关调查取证工作的保障机制等。