公立医院补偿机制改革是我国医疗卫生体制改革的重要组成部分，对于保障公共医疗卫生事业的公益性具有关键作用。一般认为，公立医院的补偿渠道主要由医疗服务、药品加成和政府补助三大部分组成。医疗卫生领域在市场化改革以后，由于政府补助不足、医疗服务定价过低等原因，导致公立医院只能通过“以药补医”来弥补成本，这也加剧了诱导过度医疗行为，逐步侵害了公立医院的公益性，带来了一系列的社会问题。药品零差率政策尝试解决这一问题。但是，调整医疗服务价格和增加政府补助并无法完全填补取消药品加成造成的缺口，不仅造成了公立医院经营困难，而且医疗总费用也并未显著下降。那么，在全面进入药品零差率时代的大背景下，如何在保障医院正常运行与发展的前提下，通过深化公立医院补偿机制改革，达到激励医院提高运营效率、提升服务质量以及控制医疗费用过快上涨等目的已经成为当前医疗体制改革的重要课题。　　本研究从经济学定义出发，构建起公立医院补偿机制的研究框架。通过对供方诱导需求理论、经济机制设计理论与不同补偿方式的研究，证实了激励相容的补偿方式是解决过度医疗行为的关键，同时获得了一套公立医院补偿机制的评价方法和设计方法。通过开展财政补偿与双重补偿这两种国际主流补偿机制模式的对比研究，得出公立医院补偿机制的基本特征。基于以上研究结果，本研究构建起由描述现状、评价绩效和查找问题三个方面组成的公立医院补偿机制分析框架。　　本研究在系统梳理了我国公立医院补偿机制的历史沿革和发展现状的基础上，运用本研究提出的分析框架对宁波市排名前四的综合性公立医院2010～2016年相关的运行数据进行分析，主要从保障医院正常运行、控制费用过快上涨、遏制过度医疗行为和提升医疗服务绩效等四个角度对公立医院补偿机制的运行绩效进行了实证研究。结果表明:当前公立医院补偿机制存在财政补偿不足、医保支付制度不够完善、个人医疗负担依然较重与医疗服务定价机制存在缺陷等问题。　　基于理论研究与实证研究，本研究认为药品零差率时代公立医院补偿机制改革路径应该选择由医保支付与财政补偿相结合的双重补偿模式。在社会医疗保险制度下，构建起以医保支付系统为主体，医院绩效考核系统与医药价格系统为两翼的新型公立医院补偿机制模型，并围绕这个模型提出了有针对性的对策建议。