我国自加入WTO以来,医药产业一直保持着持续地快速增长,近三十年来,中国医药增长速度一直高于GDP,是国民经济各领域中发展最快的产业之一。在对以往的经济研究中,我们可以清晰地看到技术是一种战略资产,对于整个经济发展的具有至关重要的推动作用。而技术的进步离不开研究与开发(Research and Development, R&D)的投入。作为知识密集型产业,我国医药产业的研究与试验发展(R&D)活动投入强度不断增大,有力地推动了其发展。本文首先对产业组织理论、创新理论以及国内外关于R&D投入的创新效率的研究做了一个简要的介绍。通过以往的研究我们可以发现,尽管国内外学者对于R&D投入具体如何影响创新效率,以及在影响技术创新效率方面各要素的重要性上存在着争论,但是毋庸置疑的一点是,R&D投入对于技术创新本身来说意义非凡,它是决定和推动着技术进步的重要力量。在第三、四章,我主要介绍了一下我国医药制造业的市场结构、市场行为和行为绩效。第四章着重介绍了我国R&D行为的特点,可以看出我国R&D投入总量大,但是人均较低；产出上来看,我国目前的产出效率不高。第六、七章,主要是以R&D投入的内部资金、全时人员当量和吸收引进消化技术经费为投入变量,以新产品销售收入和专利拥有量为产出变量,运用规模报酬可变的DEA模型对我国医药制造业的R&D投入创新效率进行实证分析,可以发现,我国医药制造业的R&D投入对于专利产出和新产品产出的效率是不一样的。通过实证研究可以发现,在我国医药行业,专利产出的年均增长率要高于新产品产值的年均增长率。第七章主要是针对实证分析的结果提出提高我国医药制造业的R&D创新效率的方式。要转变政府职能,加大R&D投入,同时应该推进产学研的合作和区域合作。第八章是主要结论和展望。目前我国医药制造业的整体的技术创新效率偏低,因此本文主要研究的是投入的创新效率。对于医药制造业的创新效率的影响因素分析和如何实现投入的合理配比以及如何加速专利的转化率将是本文进一步研究的方向。