在湖泊中，浮游动物作为次级生产力的主要贡献者在生态系统中起着重要作用，作为物质循环与能量流动的中间环节在水域食物网中起到承上启下的作用，是链接浮游植物与更高营养级生物之间重要纽带。本文从鱼类、外源有机物、大型水生植被等因素对浮游动物结构的影响进行研究。通过湖泊鱼类放养前后浮游动物群落结构的比较，研究了杂食性鱼类对浮游动物的影响。结果表明，滤食杂食性鱼类放养之后，枝角类模糊秀体溞(Diaphanosoma dubium)、微型裸腹溞(Moina micrura)和桡足类蒙古温剑水蚤(Thermocyclops mongolicus)、南方近镖水蚤(Tropodiaptomus australis)等丰度迅速下降，而轮虫丰度在鱼类放养一周后迅速增加，且保持较高的密度；轮虫优势种也发生了变化，调查前两周主要以臂尾轮虫(Brachionus)为主，两周后以暗小异尾轮虫(Trichocereidae pusilla)、广布多肢轮虫(Polyarthra trigla)和裂痕龟纹轮虫(Anuraeopsis fissa)等个体更小的种类为主。研究说明，滤食杂食性鱼类能够显著影响浮游动物群落结构，导致个体较小的种类成为优势种，最后导致浮游动物群落个体小型化。通过监测惠州西湖已修复（鱼类调控和沉水植被重建）湖区和未修复湖区的浮游动物群落结构，分析了生态修复对浮游动物群落结构的影响。结果显示，未修复的平湖和已修复湖区浮游甲壳动物均以桡足类为主，枝角类所占比例极低；而桡足类群中未生态修复的平湖主要以无节幼体和桡足幼体为主，已修复的元妙观湖和南南湖均以无节幼体为主；对比平湖和已修复两个湖的桡足成体丰度和生物量发现，平湖主要以剑水蚤为主，而元妙观湖和南南湖均以哲水蚤为主。从浮游甲壳动物的种类数、总丰度、生物量和生物多样性上看，元妙观湖和南南湖均高于平湖。研究表明，生态修复能有效的提高浮游甲壳动物的丰度、生物量、生物多样性。利用模拟实验，研究了外源有机碳（陆生植物碎屑）对浮游动物碳源的贡献，结果显示，陆生植物碎屑的添加能显著改变浮游动物碳稳定同位素值，说明浮游动物能利用陆源有机碳；同时，外源有机碳对浮游动物碳源的贡献随着陆生植物有机碎屑添加量的增加而上升。