印度尼西亚一直是美国亚洲战略特别是东南亚战略的重要一环。肯尼迪政府对印尼政策的制定既遵循了前任政府的基本思路，同时肯尼迪的冷战思维又有其自身的特点。在强硬反苏反共的同时，肯尼迪更强调两大阵营之间广大中间地带的重要性，更重视与第三世界的外交。肯尼迪政府上台后调整了艾森豪威尔时期对印尼与荷兰西伊里安领土争端上的中立态度，帮助印尼和平解决了西伊里安问题。肯尼迪政府抓住与印尼关系出现好转的有利时机，推出了援助印尼计划，试图将印尼的注意力由国际事务转向解决国内问题，建立一个稳定独立并且亲西方的印尼。但是马来西亚危机的出现使美国对印尼政策受到了来自国内的质疑和来自盟国的压力。肯尼迪政府希望能像西伊里安问题那样促使问题的和平解决，总统外交也被提上了日程，然而肯尼迪的意外去世，使得肯尼迪对印尼的访问未能如期进行，把未解决的马来西亚问题留给了下一届美国政府。