内部控制制度是伴随社会经济的发展而产生的，它贯穿于企业经营管理的各个环节当中，是一项十分复杂、繁琐的系统工程，也是现今企业所关注的一项非常重要的内容。为了强化管理及规范企业内部控制，提升企业自身风险防范及经营管理的水平，确保企业的持续发展，维护公众利益，建立良好的市场经济的秩序，依据国家现有的法律法规，在2008年6月份，财政部会同审计署、证监会、保监会及银监会等部门制定了《企业内部控制基本规范》，2010年4月，又发布了《企业内部控制应用指引》、《企业内部控制评价指引》和《企业内部控制审计指引》。这标志着我国内部控制标准体系已经基本形成。但是高校作为一个为社会培养人才的机构，还同时肩负着提供科研成果和服务，满足社会物质和文化等职能，更需要建立健全的内部控制制度。本文从内部控制相关理论着手，参考国外高校内部控制制度，通过分析高校内部腐败的案例分析了我国高校内部控制制度的现状，指出高校的内部控制在环境、风险及控制等方面尚存在诸多问题。为解决这些问题，本文参考内部控制的理论框架和国家关于内部控制的相关规范文件，结合我国现阶段高校内部控制发展现状，分析了高校内部控制存在问题的原因，最后，结合我国高校的实际情况，对我国高校内部控制工作的主要内容做出了分析，并对其内部控制的有效运行提出了改进对策和建议。