【摘 要】
：
水稻东格鲁杆状病毒（RTBV）和水稻黄斑驳病毒（RYMV）均对水稻生产造成严重危害,在东南亚地区发病率较高。水稻东格鲁杆状病毒（RTBV）属于Caulimoviridae科,具有圆形双链DNA（dsDNA）结构。水稻黄斑驳病毒（RYMV）是Solemoviridae家族成员,具有单链正义RNA（ssRNA）基因组。两种病毒均以金龟子昆虫为载体,在大范围内引起水稻感染并造成严重经济损失。水稻对病毒感
【基金项目】
：
国家自然科学基金（编号:31771474）；
论文部分内容阅读
水稻东格鲁杆状病毒（RTBV）和水稻黄斑驳病毒（RYMV）均对水稻生产造成严重危害,在东南亚地区发病率较高。水稻东格鲁杆状病毒（RTBV）属于Caulimoviridae科,具有圆形双链DNA（dsDNA）结构。水稻黄斑驳病毒（RYMV）是Solemoviridae家族成员,具有单链正义RNA（ssRNA）基因组。两种病毒均以金龟子昆虫为载体,在大范围内引起水稻感染并造成严重经济损失。水稻对病毒感染引起的人类健康问题也越来越受关注。本研究的目的是确定病毒与宿主之间的协同进化关系对宿主防御系统的病毒适应性,存活和逃避的影响。首先对病毒（例如RTBV和RYMV基因组序列）进行了系统的进化和密码子偏倚（CUB）分析。接下来分析了计算了病毒基因组核苷酸组成、相对同义密码子使用（RSCU）、有效密码子数（ENC）、密码子适应指数（CAI）和其他指数。尽管两项研究使用的方法相同,但结果略有不同,表明每个基因组都有其自己的密码子偏好标记。结果表明,RTBV/RYMV分离株的密码子使用偏倚很小或很低。各种方法表明,突变压力和自然选择压力都同样导致了这种低密码子使用偏向病毒。另外,诸如宿主,碱基组成,芳香性,疏水性和地理分布等多种因素也可能影响RTBV/RYMV病毒基因组中的密码子使用方式。RSCU分析表明,RTBV基因组更倾向于使用A和U第三位密码子,而RYMV更偏好使用G和C作为第三位密码子来编码氨基酸。此外我们还发现病毒的密码子使用模式受到其宿主的影响。这表明这两种病毒都进化了针对其宿主的密码子使用模式。这项研究的发现可能会增加我们对导致病毒进化和适应宿主和环境的因素的理解。此外,这项研究还有助于更好,更深入地了解病毒的进化过程,这将为其未来的基础研究和药物设计服务。
其他文献
淡水资源短缺是维持农业生产可持续发展与确保粮食安全的主要限制因素。近几十年来,大气CO2浓度不断上升,不仅影响了作物的生长环境,同时还加剧了全球的温室效应,进一步加重了水资源短缺问题。因此,了解在未来CO2浓度倍增条件下有限水资源供应对作物生长的影响,对更好地应对未来气候变化,确保高效用水并最大限度地提高作物产量和品质至关重要。番茄作为一种水分敏感型作物,已成为植物生理生化试验研究的模式作物。本文
茉莉酸（Jasmonic acid,JA）作为一种重要的植物激素,在植物生长、病害防御和机械损伤过程中起到了重要的调控作用。酰胺合成酶（Gretchen Hagen 3,GH3）家族作为参与茉莉酸信号调控的重要基因,主要将茉莉酸转化为具有生物活性的化合物（茉莉酸异亮氨酸耦合物,JA-Ile）从而诱导应答基因表达发生变化。由于马铃薯中茉莉酸信号通路基因的研究较少,相关GH3蛋白功能分析的研究未见报道
长柄扁桃是榆林地区重要的生态经济型灌木树种,在当地煤矿塌陷区的生态修复过程中发挥重要作用。然而,长柄扁桃纯林存在生长缓慢、易受沙埋、自然更新困难和单位面积生产力低等问题。与纯林相比,种间合理搭配的混交林具有维护林分稳定性、增加土壤微生物群落多样性、促进林分生长和提高单位面积生产力等方面的功能。化感作用对种间配置至关重要,植物的种子萌发和幼苗生长与化感作用密切相关。因此,本文以长柄扁桃为研究对象,从
小麦（Triticum aestivum L.）是中国重要粮食作物之一。小麦条锈病（Puccinia striiformis f.sp tritici Erikss）在世界各地的小麦种植区均有发生。由条锈病导致的病害管理负担加大和小麦减产对经济发展造成了巨大的损失。小麦条锈病作为破环性极大的病害之一,几乎在所有中国冬小麦产区都有周期性发生。化学药品虽可用于防治条锈病,但化学药品的使用会大幅增加小麦
昆虫表皮碳氢化合物（Cuticular hydrocarbon,CHC）作为与外界环境直接接触的第一道屏障,在诸多方面对昆虫起到保护作用,比如:在干旱环境下防止陆生昆虫体内水分通过表皮蒸发流失和阻挡外源微生物细菌、真菌和病毒对昆虫的侵入。另外,昆虫CHC作为昆虫性信息素的物质基础,在昆虫进行物种和性别识别以及雌雄交配等社会行为方面至关重要。因此,本论文主要聚焦于影响CHC合成、转运和接收三方面,通
小麦是人类最重要的粮食作物之一。然而,小麦的安全生产受到病虫害和逆境胁迫的严重威胁。在病虫害中,病害是影响产量最重要的因素。三种小麦锈病对小麦生产造成严重威胁,其中条锈病是全球许多小麦产区最重要的病害。植物通过自己防御机制来抵御入侵的病原菌。转录因子（TFs）在植物防御入侵的病原菌的反应中发挥至关重要的作用。本研究,从MYB和APTALA2/AP2两个TF家族中选择了两个基因TaMYB77和TaA
小菜蛾属鳞翅目菜蛾科,分布于世界84个国家和地区,是一种世界性害虫。我国各地均有分布,但以长江中下游地区发生为害最重。小菜蛾主要为害十字花科植物,每年都会对世界各地的蔬菜生产造成巨大的经济损失。小菜蛾主要依靠成虫进行扩散,成虫产卵位置的选择对其后代的生长发育和种群繁衍具有重要作用。但是,小菜蛾在不同寄主植物上的产卵行为及产卵的因素尚不完全清楚。因此,本文对小菜蛾成虫在8种十字花科植物甘蓝、芥蓝、白
干旱胁迫是影响作物生长和发育的主要因素之一。随着全球气候变暖,降水减少,由气温升高或相对湿度降低引起的饱和水汽压亏缺（Vapour Pressure Deficit,VPD）增加和土壤干旱已经成为限制作物生长和产量的主要逆境胁迫。考虑到单子叶作物和双子叶作物对气孔调控过程和外界环境响应过程的差异,本论文分别以大麦（单子叶作物）和马铃薯（双子叶作物）为试验材料,通过人工气候室盆栽试验和田间遮雨棚盆栽
小麦条锈菌（Puccinia striiformis Westend.f.sp.tritici Erikss.）是一种转主寄生的全型锈菌,属活体营养寄生,以小麦为主要（夏孢子和冬孢子）寄主,小檗（Berberis spp.）为主要转主（锈孢子和性孢子）寄主,具萌发能力的冬孢子对该菌有性生殖的发生具有重要作用。研究表明由于在持续的潮湿和适宜温度下冬孢子降解失活以及萌发的冬孢子与小檗感病阶段在物候期上
有机培肥作为提高土壤肥力、改善土壤结构的重要手段,但是在有机培肥过程中有机碳的分子结构与红壤团聚体形成间的关系仍不是很清晰。因此,本论文以地处长江中游地区的湖南岳阳市的肥效定位试验,利用红外光谱仪、固态13C核磁共振技术、磷脂脂肪酸分析、X射线光电子能谱技术,并结合田间埋袋试验,研究了不同施肥模式下（单施化肥、减量有机肥和全量有机肥）以及不同有机物料（猪粪有机肥、玉米秸秆和油菜秸秆）腐解过程中红壤