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本研究以三品系荷斯坦奶牛为对象,研究DGAT1基因单链核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms ,SNPs)及其与奶牛产奶性状之间的关系。根据GenBank中发表的黑白花奶牛DGAT1基因外显子8、3’非翻译区序列设计2对引物。采用PCR-SSCP技术分别检测澳系、新系和中国荷斯坦奶牛在这两个基因座中的SNPs。分析整个奶牛群体在多态性基因座上的遗传结构及其与产奶性状之间的关系。结果表明:1、在三个不同品系奶牛群体中,均发现了DGAT1基因外显子8的三种基因型KK、KA、AA和3’非翻译区的三种基因型MM、MN、NN;前者的基因型频率分别为:新系0.37、0.43、0.20,澳系0.34、0.43、0.23,中国荷斯坦奶牛0.08、0.48、0.44。后者的基因型频率分别为:新系0.1048、0.2476、0.6476,澳系0.0709、0.2482、0.6809,中国荷斯坦奶牛0.0467、0.2933、0.6600;χ2适合性检验表明三品系在3’非翻译区座位上都未达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01);在外显子8座位上都达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。2、纯合子测序结果表明:DGAT1基因外显子8的KK基因型发生了GC→AA的错义突变,导致了赖氨基酸突变为丙氨基酸;DGAT1基因3’非翻译区MM型在11992处和11993处的GT变成CA,NN型在11992处和11993处的GT变成CA,11989处的T变为G。3、群体遗传特性分析结果表明:三品系DGAT1基因3’非翻译区的基因杂合度分别为:新系0.4898、澳系0.4843、中国荷斯坦奶牛0.4696;有效等位基因数分别为:新系1.9600、澳系1.9391、中国荷斯坦奶牛1.8854;PIC值分别为:新系0.3699、澳系0.3670、中国荷斯坦奶牛0.3593。三品系DGAT1基因外显子8的基因杂合度分别为:新系0.4853、澳系0.4943、中国荷斯坦奶牛0.4352;有效等位基因数分别为:新系1.9429、澳系1.9775、中国荷斯坦奶牛1.7705;PIC值分别为:新系0.3675、澳系0.3722、中国荷斯坦奶牛0.3405。两位点的基因杂合度值都不高,变异程度都不大,仅为中等水平;有效等位基因数都比较接近试验检测等位基因数2,等位基因在试验群体中的分布比较均匀;两座位在三品种奶牛中的多态信息含量PIC值相差不大,都处于0.25-0.5之间,达到中度多态。4、关联分析结果表明:3’非翻译区基因型与澳系荷斯坦奶牛产奶量和平均乳蛋白率呈显著相关(P<0.05),MM型具有较高的产奶量,但乳蛋白率最低;该位点与新系荷斯坦奶牛产奶量显著相关(P<0.05),MM型具有较高的产奶量。外显子8的多态性与中国荷斯坦奶牛的乳脂率显著相关(P<0.05),KK型的平均乳脂率比KA型高0.16,比AA型高0.27;该位点与澳系荷斯坦奶牛平均乳脂率和平均乳蛋白率呈显著相关(P<0.05),KK基因型个体的平均乳脂率最高,但是KK个体的平均乳蛋白率最低;该位点与新系荷斯坦奶牛平均乳脂率显著相关(P<0.05),KK型个体的平均乳脂率最高。以往研究表明,DGAT1基因是奶牛产奶性状的主效基因,或与影响产奶性状的QTL存在一定程度的连锁,本研究证明了这一观点。两引物扩增序列的突变位点可以作为奶牛产奶性状标记辅助选择的候选标记。