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本研究利用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)、限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)技术检测荷斯坦奶牛、鲁西黄牛、渤海黑牛、闽南黄牛和牦牛5个群体共737头个体的β-Lg与β-Lg5’侧翼区两个基因位点遗传多态性,分析基因与产奶性能的相关性。1、荷斯坦奶牛、鲁西黄牛、闽南黄牛、渤海黑牛等四个群体中β-Lg基因A和B等位基因频率分别为:0.4125/0.5875、0.1419/0.8581、0.0333/0.9667和0.1857/0.8143,表明在以上4个群体中B等位基因为优势基因,BB基因型为鲁西黄牛、闽南黄牛与渤海黑牛三个群体的优势基因型,AB型为荷斯坦奶牛群体的优势基因型;牦牛β-Lg第四外显子B和E等位基因频率分别为0.0732/0.9269,E等位基因为优势基因,EE型为优势基因型,在该群体上未发现其它等位基因的存在。X2适合性检验结果表明:除闽南黄牛尚未达到Hardy-Weinberg平衡外,其余群体已达平衡状态。β-Lg基因位点在以上五个群体中的的杂合度为:0.4847、0.2435、0.0644、0.3024、0.1356;期望杂合度为:0.4852、0.2545、0.0650、0.3069、0.1373;有效等位基因数分别是:1.9045、1.3219、1.0689、1.4336、1.1596;多态信息含量为:0.3672、0.2139、0.0624、0.2567、0.1264,荷斯坦奶牛与渤海黑牛为中度多态(0.25<PIC<0.5),其余三个群体均为低度多态(PIC<0.25)。2、β-Lg5’侧翼区位点在荷斯坦奶牛、鲁西黄牛、闽南黄牛、渤海黑牛四个群体中检测到A和B两个等位基因,其频率分别为:0.7150/0.2850、0.7286/0.2714、0.7328/0.2672和0.8637/0.1364, A等位基因为优势基因, AA基因型为优势基因型;X2适合性检验结果表明:在β-Lg5’侧翼区所有群体均已达到平衡。4个群体在β-Lg5’侧翼区杂合度为:0.5924、0.3955、0.3916、0.3917;有效等位基因数分别是:1.6880、1.6543、1.6438、1.3081;多态信息含量为:0.3245、0.3173、0.3150、0.2078,所有群体均为中度多态(0.25<PIC<0.5)或低度多态(PIC<0.25)。X2独立性检验结果表明,β-Lg和β-Lg5’侧翼区两基因位点在遗传上可能存在连锁关系。3、β-乳球蛋白位点与产奶量和乳成分的相关性分析结果表明,β-Lg与β-Lg5’侧翼区两个位点对产奶量的影响不显著;β-Lg对乳脂量和乳蛋白量的影响达到显著水平(P<0.05);β-Lg5’对乳脂量和乳蛋白量的影响达到了极显著水平(P<0.01);β-Lg AA型个体的乳蛋白率显著低于BB型个体;β-Lg BBβ-Lg5’BB基因型组合在乳脂率、乳蛋白率、乳脂量、乳蛋白量等乳成分的效应显著高于其它基因型组合,而不同基因型组合对SNF与DEN等乳成份的影响不显著。4、根据遗传距离DA采用UPGMA方法对鲁西黄牛、渤海黑牛、闽南牛和荷斯坦奶牛进行聚类分析,结果表明:鲁西黄牛和渤海黑牛首先聚在一起,再与闽南牛聚在一起,最后与荷斯坦奶牛的两个群体聚在一起,基本符合这四个品种的地理分布,说明此座位的分化与种群的分化基本一致