关于太平天国的土地制度，上个世纪五六十年代，以罗尔纲先生为代表的史学界，认为太平天国实行了耕者有其田的政策。吴雁南先生依据大量史实指出，太平天国统治区域内准许地主收租，持耕者有其田观点的若干史料不准确。他还就现存的田凭、荡凭进行分析，指出太平天国实行保护地主收租的政策，维护旧日的封建土地关系。他认为太平天国不只在后期，就是在前期，也没有实行耕者有其田的土地制度，而是实行了以“照旧交粮纳税”政策为表征的封建地主土地所有制。若干年后，这一观点为罗尔纲先生在内的史学界同仁所接受。他的观点成为史学界关于太平天国土地制度的主流观点。 关于太平天国的政权性质问题，吴雁南先生在农民革命政权说和封建政权说以外，提出了两重性政权说。他认为这个政权既不是完全的革命政权，也不是完全的封建政权，而是兼具革命性与封建性的两重性政权。他认为，除了中央政权，乡官政权也基本上掌握在劳动群众手里，因而太平天国是农民革命政权，但是，乡官政权带有一定的封建性，农民阶级带有双重性质，使得太平天国政权也带有一定的封建性。他的观点得到了罗尔纲先生、林庆元、王天奖等人的赞同，成为关于太平天国政权性质的一家学术观点的典型代表。 吴雁南先生对太平天国其他问题，如人物评价问题、人物画问题以及妇女问题都有较为深入的研究。对于人物的评价，他认为应该坚持一分为二的观点，既不应该全面肯定，也不应该全面否定。在当时把李秀成和石达开定性为叛徒的政治气氛下，他坚持认为他们虽然有错误，但是为太平天国作出了巨大的贡献。对太平天国其他领袖人物，他都能够比较公正、客观地评价他们的功过是非。 吴雁南先生为太平天国研究作出了不可磨灭的贡献。他在太平天国史研究中极为重视史料的搜集与辨析，极为重视在史料基础上的大胆创新。他的研究成果及治学经验给后学者以很大的启迪。