随着社会科学的发展和人类生活的进步，建模在科学研究以及日常生活软件应用中占据着越来越重要的作用。面对复杂的问题，人们利用现代科学技术观测出越来越多的数据，这就需要建立相应的数学模型来描述一个抽象系统的输入和输出的关系。演化建模方法是利用演化算法通过反复的实验测试而生成的有较强的健壮性的函数模型的一种方法。使用该方法在不需要确定模型结构的情况下仅仅根据问题的特征确定即可构成模型的一些基本单元。本文立足于改进的基因表达式程序设计在膳食营养输入模型中的应用，主要完成了以下几个方面的工作：首先，本文介绍了基于基因表达式程序设计的演化建模问题。阐述了基因表达式程序设计的原理、结构以及关键技术，介绍了演化建模的相关概念，结合系统实际的需求，确定GEP(Gene Expression Programming)在本项目中的优势。其次，对GEP算法进行改进，进一步优化模型中参数，使模型具有更好的拟合性;并对改进的GEP算法进行了性能分析，改进的GEP算法结合演化建模同时参考中国居民膳食指南和平衡营养宝塔结构以及特殊疾病病人营养标准，设计特殊疾病营养膳食输入模型，对建立的临床膳食输入模型配餐结果进行评估，借助于测试结果来证明输入模型的可行性、实用性。再次，将建立的膳食营养输入模型结合本体建立一个营养输入模型的知识库，使这个知识库能够更好的共享和重用。