根据《宪法》和《审计法》的规定,部门预算执行审计是审计机关的基本职责,是国家审计的永恒主题。准确把握中央决策部署的重点、围绕各项改革措施的重点和方向开展部门预算执行的绩效审计是实现深化财政、行政管理体制等重点领域和关键环节改革和推动完善公共财政和政府预算体系的重要实施手段。随着《审计署2008至2012年审计工作发展规划》提出要全面推进绩效审计,促进转变经济发展方式,提高财政资金和公共资源配置、使用、利用的经济学、效率性和效果性,促进提高政府管理水平和建立健全政府部门责任追究制。到2012年,每年所有的审计项目都要开展绩效审计。这标志着中国审计工作由财政收支审计与效益审计并重,提升到全面推进绩效审计层次。审计通过及时揭示和反映财政政策执行和预算执行的效果、预算单位的预算管理状况、行政不作为、乱作为等现象,深入挖掘影响经济长期健康发展的体制性、结构性矛盾,对建立和完善现代公共财政制度具有重大的意义。目前,我国的部门预算执行绩效审计还没有形成一套成熟的模式体系,构建适合我国国情的绩效审计模式,对政府部门的发展具有重大意义。文章首先介绍部门预算执行绩效审计的基本理论,并以委托代理,国家治理和公共财政的理论为基础,在此基础上分析我国部门预算执行的绩效审计发展现状,提出目前存在的问题。通过分析借鉴国外政府的绩效审计发展的成功经验,尝试着构建一套符合我国部门预算执行绩效审计模式,此模式依据审计目标确定审计的内容、范围,选取科学的标准和方法对项目绩效进行评价,规范审计流程,更好的发挥部门预算执行审计的作用。最后在此模式的研究基础上提出改进建议,进一步完善我国部门预算执行绩效审计的发展。