定量蛋白质组学与磷酸化蛋白质组学鉴定Rictor在调节细胞粘附中的作用

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背景和目的:哺乳动物雷帕霉素靶标复合体2(The mammalian target of rapamycin complex 2,mTORC2),在多种生物进程中发挥着重要作用,如调节Rho GTp酶的活性、调节肌动蛋白骨架的重建、促进血清诱导的张力纤维或F型肌动蛋白的形成、调节体内多种蛋白的磷酸化等。Rictor(Rapamycin insensitive companion of mTOR,Rictor)是mTORC2的一个特异性亚基,接受细胞信号刺激后可以调节细胞的生长和生存。为了更好的研究mTORC2的功能以及潜在的分子机制,我们建立了一个Rictor降表达的稳定细胞系,用以研究Rictor降表达后细胞蛋白质组和磷酸化蛋白组的变化,从而对mTORC2的功能以及潜在的机制进行阐述。方法:首先,用含有Rictor降表达序列的慢病毒转染HEK-293T细胞并进行病毒的扩增,将扩增后的病毒转染到人肾癌细胞ACHN内并进行筛选,从而建立Rictor降表达的稳定细胞系。然后利用8M尿素进行细胞全蛋白的萃取,并对蛋白进行还原和烷基化,再采用超滤管辅助样本制备(Filter aided proteome preparation,FASP)的方式对提取的蛋白进行酶解。酶解后的大部分肽段用TiO2磁珠进行磷酸化的富集。剩余小部分酶切肽段进行TMT的标记,以实现定量蛋白质组学分析。TMT标记后的肽段等比例混合,利用高pH反向分馏色谱柱对标记肽段进行分馏。将分馏后的肽段和磷酸化富集的肽段进行液相串联质谱的检测。最后再利用Proteome Discoverer(PD)分析软件对质谱数据进行解析和定量,从而筛选出差异蛋白。结果:对于TMT标记的全蛋白样本共鉴定到5096个蛋白,去除199个肽段数为1的蛋白和33个无定量值的蛋白,剩余4864个可定量的蛋白。其中P值小于0.05的蛋白有2175个,变化倍数大于1.5倍的蛋白有151个,包括101个表达降低的蛋白和50个表达升高的蛋白。对于磷酸化富集的样本,共鉴定到77个差异蛋白和111条差异表达的磷酸化肽段,其中69个差异蛋白,对应98条差异肽段是降表达的;8个差异蛋白,对应13条差异肽段表达量出现了上调。结论:联合蛋白质组学与磷酸化蛋白质组学的定量分析,表明Rictor/mTORC2与细胞的多个进程密切相关,尤其是细胞粘附,鉴定到多个差异蛋白如JUP,CD9,LAMB2等。此外,实验结果显示Rictor降表达后细胞内磷酸化水平下降的蛋白与细胞紧密连接有关,其中紧密连接蛋白2(tight junction protein 2,TJP2)的(Ser979,Ser986,Tyr115)位点下调。TJP2是紧密连接的一个重要组分。进一步的实验也表明Rictor/mTORC2通过TJP2调节紧密连接的功能。综上所述,该研究较全面的揭示了Rictor/mTORC2调节的蛋白质组和磷酸化蛋白质组,结果提示Rictor/mTORC2通过调节细胞间相互作用,调节肾癌细胞的迁移和侵袭。
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