分子生物学历经半个世纪的辉煌之后,生物学领域出现了系统生物学领先发展的趋势。从20世纪下半叶以来,系统科学和复杂性科学在自然科学领域兴起,20世纪末的生物学领域,以生命复杂系统为研究对象的系统生物学也逐渐兴起。本课题从史、论两方面展开论述,通过考察系统生物学兴起的历史背景,力图从历史中揭示生物学研究方法的发展趋势,为生物学的发展指明方向;通过对系统生物学及其方法论的研究,有助于深入理解系统生物学及其研究方法的哲学内涵,对生物学融入系统科学和复杂性科学具有重要的理论意义。本文史论并重,采用历史和逻辑的方法相结合,考察和论证生物学研究方法的系统趋向。第一章绪论概述了本课题的研究意义和研究背景。第二章围绕对系统生物学的产生背景和思想根源进行历史考察。先通过考察科学的整体动态发展特征,从历史的痕迹中探寻和发现科学未来的趋势,为理解新型学科——系统生物学及其方法论提供"科学"的历史背景;再通过回顾生物学思想的发展历程,厘清生物学发展到当前的动态过程,还特别梳理了20世纪中叶以来系统科学得到发展时,生物学仍持续坚持还原论方法发展的历史,通过比较分析尝试回答"为什么孕育系统论思想的生物学却还是向还原论方向发展?";最后,以"一般系统论为什么孕育于生物学领域,而非物理学领域?"为导向,通过梳理与系统生物学密切相关的"一般系统论"思想渊源,为系统生物学方法论研究提供思想背景。第三章围绕系统生物学及其方法论作论述。首先概述了"系统生物学"的缘起和基本内容。采用特征描述的方法对系统生物学作概貌性描述,之后对"整体性""涌现"等概念作了分析。最后将系统生物学的方法论与分子生物学的还原论进行比较分析,揭示了系统生物学的出现是生物学研究方法系统趋向的外在表现。结语部分基于历史视角和方法论视角的考察,阐明了当前系统生物学研究方法这种系统趋向,并论述系统生物学兴起的价值和意义。系统生物学研究方法在生物学和医学领域研究应用取得了进展,一方面有利于推动生命科学研究迅速发展,促进中西医学沟通交流;另一方面,系统生物学方法论思想会对其他学科的发展、经济社会文化等领域产生影响。