制造业作为中国国民经济的支柱产业，是保证国民经济快速、健康发展的基础，同时也是吸纳就业的主导产业，但在发展过程中面临诸多问题。例如：物流观念落后导致成本上升、自主研发能力薄弱、区域发展不平衡，这些问题严重制约着中国制造业的可持续健康发展，制造业的发展离不开物流业的支持；物流业作为我国新兴产业之一，在近几年来迅猛发展，产业规模不断扩大，在扩大的过程中同样伴随着物流费用偏高、服务水平低下等问题。因此研究制造业与物流业的协同机理问题，来有效解决资源优化配置，实现产业结构升级就十分必要。本文主要针对协同过程中组织的有限理性、机会主义以及外部环境的不确定性等因素，运用博弈论来分析制造业与物流业协同机制与收益分配机制，分析如何增强联盟的稳定性和有效性。通过分析制造业与物流业协同竞争的情况以及二者在协同的过程中收益分配问题，找出制造业与物流业协同过程中需解决的问题。即二者在协同之前应该就合作过程中的收益分配问题达到一致，避免不必要的利益纠纷。最后通过博弈分析，得出制造业与物流业的协同，可以使二者的信息相互补充、相互共享，可以提高各自的竞争力，在激烈的市场环境中求得生存和发展，达到双赢的结果。在制造业与物流业协同机理研究的基础上，以中国长安汽车为例，运用层次分析法和模糊综合法，选取了32个因素，选择了不同领域的专家进行打分，根据打分结果建立矩阵，确定权重以及进行一致性检验，分析二者在协同过程中可能出现的内部风险和外部风险，最后提出针对性的风险预防措施。这正是本文的创新之处。