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主要组织相容性复合体（MHC）是一群紧密连锁的基因，编码主要组织相容性抗原，在脊椎动物机体的免疫应答中具有重要作用。MHC中的基因具有丰富的多态性，是物种起源、进化和动物抗病育种的研究重点之一。本研究运用比较基因组策略成功获得了位于猪7号染色体上MHC Ⅱ类区中SLA-DRA和SLA-DQA基因的2-3外显子的片段（包括第2外显子、第2内含子和少部分第3外显子），采用PCR产物直接测序法研究中外15个猪品种MHCⅡ类区中SLA-DRA、SLA-DQA、SLA-DRB和SLA-DQB基因第2外显子的核苷酸序列，分析了SNPs位点，发现了一批新等位基因，研究了各基因在15个品种中的遗传多样性及品种间的亲缘关系。采用PCR-RFLP方法检测了SLA-DQB、SLA-DRB基因第2外显子在通城猪、大长通和长大通3个群体中的多态性，对基因与免疫性状的关系进行了统计分析。其结果如下： 1、运用比较基因组策略成功设计了扩增猪MHCⅡ类区中SLA-DRA和SLA-DQA2-3外显子的引物对（DRAp167、DRAp428和DQAp161、DQAp443），获得了包含大部分第2外显子、全部第2内含子和少部分第3外显子的SLA-DRA基因的705 bp和SLA-DQA基因的731 bp的片段，分别通过克隆和PCR产物的直接测序获得SLA-DQA和SLA-DRA的2-3外显子的核苷酸序列，分析了两基因部分片段（2-3外显子）的基因结构。推导出SLA-DRQ链、SLA-DQα链的α1结构域的长度分别为85和87个氨基酸残基。 2、运用PCR产物直接测序方法进行了中外15个猪品种（13个本国地方品种，2个国外品种）的SLA-DRA、DQA、DRB、DQB 4个基因第2外显子和SLA-DRA、DQA 2个基因第2内含子的序列分析。发现SLA-DRA第2外显子231bp中存在3个SNPs位点，分别是190（G/A），363（C/A），374（C/T），第2外显子中的SNPs发生频率为1.3％；在第2内含子中有6个SNPs位点存在，分别是114（C/T）、127（C/T），228（C/G），346（G/T），414（G/A），428（G/A），SNPs发生率为1.4％。发现SLA-DQA基因第2外显子251bp中存在26个SNPs位点和2个突变位点（360A/G，373G/A），其中有1个3态和1个4态SNP位点，SNPs频率12％，其SNPs的分布为：198（C/T）、203（C/A）、211（A/T）、230（C/T）、237（G/C）、245（C/T）、256（A/G）、276（C/A）、277（A/G）、293（C/T，C/A）、294（A/G）、301（C/G）、314（G/A）、332（C/T）、339（A/G）、340华中农J匕大学俘士学位论文（C厅）、342（G厅）、343（C瓜C/G）、348（C厅）、349（A/T）、352（AjC）、353（T/C）、362（C/T）、363（G/C，G/A，G厅）、367（T/C）、374（T/C）。在第2内含子中发现以6个核普酸和9个核营酸为单位的插入、缺失突变。发现￡丈月一DRB基因第2外显子1 74bp中出现29个SNPs位点，其「万护有6个3态和l个4态，SNPs发生频率16.7%，其SNPs的分布为:112（T/G）、113（T/A）、114（T/C）、115（C/A）、118（G/T）、119（G/T、G/A）、124（T/G）、125（T/C、T/A）、144（T/C）、155（A/G）、165（A/G）、166（T/A）、169（G/C）、171（G/C）、173（G/A）、177（A/C、AjG、A/T）、196（T/C/、T/A）、198 （T/A）、199（G/T）、210（C/T）、225（G/A）、240（C/T）、255（A/T、A/G）、256（G/T）、257（A/C、A/T）、265（A汀、A/G）、269（A/G）、270（AjG）、278（A/G）。发现S丈月一DQB第2外显子204bp中有5个突变位点和3个SNPs位点，其中2个3态SNPs位点，SNps发生频率为15.7%，SNPs分布为:243（A/G）、245（A/G）、246（A/G）、247（AjG）、257（A/G）、265（T/C）、266（A/T）、267（T/C）、268（G/T）、269（C/T）、283（G/A）、286（G/A）、294（G/A）、296（A/T）、3 12（T/G）、325（G/A）、326（C/A）、327（C/G）、335（A/C）、338（G汀）、343（A/G）、354（C/G）、355（A/G，A/T）、356（T/C）、357 （C/T）、368（C/A、C厅）、375（A/C）、379（C/G）、386（C/G）、387（G/T）、418（G/A）。 3、通过对GenBank中同一基因的序列比对，按读码框分析氨基酸序列，发现一批新等位基因。其中在S乙月一DRA中发现2个新等位基因，分别命名为S丈减一DRA 001、S乙月一D尺月002。S乙月一DRAO01是由于190位（G/A）变异引起83位氨基酸的改变（Ser一Asn），S乙月一DRA 002是由363位（C/A）核普酸变异引起%位氨基酸改变（Leu一Met）。分析S丈月一DRA基因在物种间的变异时，发现占丈月一DRA002在物种间表现出保守性，在猪以外的9种哺乳动物中该位点均为Met，而在猪中存在Met和Leu两种氨基酸残基变异。也发现基因￡乙注一DQA中有4个新等位基因，分别命名为￡丈刁一DQA001沼丈左一DQAO02，s乙月一DQA003，召乙月DQA004，其中S乙月一DQA001是92位Ala一Val的变异，‘乙月一DQAooZ是92位Ala一Ser的变异，5去月一DQA003是94位His一Tyr的变异，占丈月DQA004是99位Ala一Met的变异。发现基因S丈月一DRB有1个新等位基因，该等位基因是由“位PheLeu的突变而产生。发现基因SLA一DQB有7个新等位基因，其命名从￡乙月一DQBool到s乙月一DQ刀007，它们的核昔酸变异依次引起62位（Tyr一Cys）、63位（Ile一Met）、70位（Ala一Ser）、89位（AlaAsn）、97位（Lys一Arg）、1 07位（Leu一Ala）和1 09位 （ThrSer）的氨基酸发生改变。1曰宁1............—一 巧个猪品种MHCH类区4个基因的SNPs分析及与免丧性状的关联 4?