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短光低温不育水稻是一种新型的光温敏核不育水稻种质资源。开展短光低温不育基因的定位研究，对于进一步了解光温敏核不育的遗传基础、光温敏核不育的机理具有重要意义。本试验以短光低温不育水稻宜D1S的花培后代Y72和Y45为研究对象，通过育性观察、亲本多态性分析，选择“Y72×8528”杂交组合的F2群体作为定位群体，利用SSR标记和BSA分析法，对短光低温不育基因进行了分子标记定位。主要研究结果如下：
1Y72的晚季育性转换期在9月的中下旬，9月底进入稳定不育期。Y45的晚季育性转换期在10月底，11月初进入稳定不育期。
2用Y72为母本构建的“Y72×8528”F2群体，可育株与不育株的分离比例符合15：1，说明短光低温诱导雄性不育特性受两对主效隐性基因控制。3利用358个SSR标记对Y45与Y72之间进行多态性分析，结果显示两者之间没有多态性标记；利用358个SSR标记对Y72与8528之间进行多态性分析，共有133个标记在亲本间表现出多态，多态率为37.15％。
4第8染色体上的标记RM72、RM44、RM339、PSM527、RM284、RM556和第9染色体上的标记PSM399、PSM157、PSM158、RM105的不育混合池和可育混合池有多态，并且不育池带型与Y72一致，可育池带型与8528或F1带型一致。
5短光低温不育基因rptms1位于水稻第8染色体中部，位于标记RM339和PSM527之间，与标记RM339和PSM527的遗传距离分别为2.6cM和7.1cM；短光低温不育基因rptms2位于水稻第9染色体上部，与标记PSM399的遗传距离为10.7cM，与PSM157的遗传距离为18.0cM。
6水稻短光低温不育基因rptms1的遗传效应要略大于rptms2。
本研究对水稻短光低温不育基因进行分子标记定位，其结果为短光低温不育基因的精细定位、克隆及育种应用奠定了基础。