随着国家的发展,区域创新经济的发展在国民经济的发展中变得越来越重要。而区域知识产权保护水平同区域创新能力是一个地方创新经济发展不可或缺的两大保障,这两大因素对区域创新经济的发展缺一不可,但是大量的研究表明区域知识产权保护水平同区域创新能力并不是一种简单的线性关系,即我们通常认为的知识产权保护水平越高,区域创新能力越强,会更加能够促进区域创新经济的发展,这两者之间是一种非线性的较为复杂关系,这种关系是否能够得当的处理对于促进区域创新经济发展有着重大的作用,而对这两者的关系目前尚未有一致的看法。在本文中我们用物理学的耦合度的理论试图来解释这种关系,即对协议下知识产权保护水平同区域创新能力之间耦合机理进行分析,发现这两者较为符合耦合度的相关理论,并且我们通过耦合度理论将这种关系进行量化,以便于更好的指导我们的实践活动。为了能够更好的表示TRIPS协议下知识产权保护水平和区域创新能力的耦合度关系,文章以安徽省为例做实证部分,分析了构建安徽TRIPS协议下知识产权保护水平一个序参量的国际条约成员、保护覆盖范围、执法机制、专利保护期限和保护的损失条款五个方面和构建安徽省区域创新能力的另一个序参量的区域技术创新的投入能力、产出能力、扩散能力和支撑能力的四个方面,然后通过耦合度的相关理论,得出安徽省目前处在中度耦合和勉强协调的状态,并就这种中度耦合和勉强协调的状态进行相关分析,针对当前的这种状态提出安徽提高区域创新经济序参量耦合度的政策建议,譬如应当加强区域创新经济基础设施建设,完善配套设施;增加安徽创新制度供给,强化创新机制,合理利用知识产权制度为安徽省创新经济服务;大力加强安徽省区域经济创新系统完善的建设,发挥网络效应,以促进和提升安徽区域创新经济的发展,并且为其他的区域创新经济的发展提供良好的借鉴作用。本文的创新之处在于用物理学上的非线性系统理论耦合度理论来探讨TRIPS协议下知识产权保护水平同区域创新能力之间的耦合关系,并且对这两者的耦合机理进行分析,并构建了耦合度理论模型来研究这种耦合关系程度的强弱,将其量化。并且以TRIPS协议下安徽省地区的知识产权保护水平和区域创新能力的相关数据做实证分析。