在生物信息学中，对序列数据进行相似性比较即序列比对，是一种基本的信息处理方法，它对于发现生物序列中的功能、结构和进化的信息具有非常重要的意义，在本文中探讨的是多序列比对的研究方法和实现。 本文首先介绍了生物信息学的起源、定义、研究内容以及发展展望；其次介绍了序列数据库、序列分析中的难点和多序列比对的定义以及相关的概念；最后以杯状病毒和流感病毒全基因序列为研究主体，重点研究了多序列比对的方法和实现，用字符串比较(CSCM)的方法，通过VB程序语言来寻找各序列之间的相同或字符差异不大的字符串，获得杯状病毒各属之间和流感病毒各亚型之间的高度保守序列；并在此基础上，提供了杯状病毒的特异保守序列；分析了流感病毒之间的进化关系，同时指出流感病毒亚型之间的可能存在互相交叉感染导致的病毒基因变异，是潜在流感大流行的重要因素。