2013年8月16日上证指数出现“乌龙指”，盘中最高涨幅一度达5.62%，后经中国证监会的调查显示，“乌龙指”事件发生的根本原因是上市公司光大证券的内部控制存在明显缺陷，这一事件的发生表明了完善的内部控制能够有效的规避公司经营风险。其实早在2008年和2010年，财政部等五部委就联合颁布了中国《公司内部控制基本规范》和《公司内部控制配套指引》用来指导和规范我国公司建立完善的内部控制体系。就我国上市公司目前的情况来看，绝大多数上市公司能够及时披露内部控制自我评价报告。审计意见能够较为客观的评价上市公司财务状况，注册会计师在审计工作中必不可少的就是对上市公司进行风险评估和控制测试，这些都离不开内部控制，因此内部控制和审计意见之间也就产生了密切的关系。为了研究我国上市公司内部控制和审计意见之间的关系，本文在对目前国内外相关文献进行回顾和分析后，结合我国的实际情况，综合考虑与内部控制相关的经济学理论（委托代理理论、信息不对称理论和信号传递理论），以及与审计意见形成相关的基本理论（保险理论和博弈理论），选取了内部监督、内部控制缺陷和外部监督作为评价上市公司内部控制的替代指标，通过实证分析来研究内部控制和审计意见之间的关系。经过对样本的描述性统计分析、Pearson双尾检验相关性分析和Logistic回归分析，研究发现我国上市公司非标准审计意见与内部监督之间存在显著的负相关关系；非标准审计意见与内部控制缺陷存在正相关关系，但是不具有统计显著性；非标准审计意见与外部监督存在显著的负相关关系。在理论分析和实证研究的基础上，针对我国上市公司内部控制和审计意见存在的问题，本文给出了三个政策建议，分别是在实践中进一步完善内部控制监管体系、规范证券市场以促使公司自愿披露内部控制以及实现财务报表审计和内部控制审计的整合。希望这些建议的实施能够帮助我国上市公司更好的完善内部控制，在内部控制信息披露方面更加及时、全面，帮助公司降低内部管理风险，最终提升公司的整体价值。