马铃薯MYB转录因子家族的生物信息学分析及低温胁迫下的表达分析

来源 :青海大学 | 被引量 : 18次 | 上传用户:zhangbo330330
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本研究利用马铃薯基因组数据库(PGSC)和拟南芥MYB基因家族作为理论依据,对马铃薯MYB类转录因子家族进行了系统的生物信息学分析,并研究了低温胁迫下部分马铃薯MYB转录因子的表达模式,对St4RMYB1、St2RMYB80、St3RMYB2以及AN1基因进行了同源克隆及功能分析。主要结果如下:1、利用PlantTFDB数据库和ClustalW软件获取了184个马铃薯MYB转录因子(StMYBs),主要分为四类:MYB-related(67)、R2R3-MYB(113)、3R-MYB(3)、4R-MYB(1)。所有马铃薯MYB蛋白平均由519.8个氨基酸组成,平均疏水性值为负。基因结构分析表明大多数的2R-MYB蛋白含有一个保守的剪接模式:包含2个内含子,3个外显子。在StMYBs蛋白的MYB结构域中,R1,R2和R3重复区域包含保守的色氨酸残基,但在R3重复区域的第一个色氨酸残基容易被取代。所有StMYBs基因不均匀的分布在12条染色体上,一些StMYBs基因表达呈现出组织特异性。功能预测表明马铃薯2R-MYB蛋白与细胞生长、发育、次生代谢以及响应非生物胁迫相关;马铃薯MYB-related蛋白可分为CCA-like、CPC-like、TRF-like、TBP-like、I-box-binding-like和R-R type六类。2、根据功能预测结果利用RT-PCR分析了马铃薯DM中的StMYBs基因在低温胁迫后的表达模式。结果表明,有19个基因响应低温胁迫。3、克隆了青薯9号中的St4RMYB1、St3RMYB2和St2RMYB80基因。St4RMYB1基因CDS为2142bp,编码713个氨基酸,有4个MYB结构域。St2RMYB80基因有两种测序类型,CDS为1110bp和1116bp,编码369和371个氨基酸,都含2个MYB结构域。马铃薯St3RMYB2基因也有两种测序类型,CDS均为1611bp,编码536个氨基酸,含有3个MYB结构域。三个基因编码的蛋白都为稳定亲水性蛋白,与番茄、辣椒、烟草、茄子的亲缘关系最近。半定量PCR结果表明,青薯9号在4℃胁迫后St4RMYB1和St3RMYB2基因表达量升高,St2RMYB80基因表达量降低。4、从叶片颜色不同的两种马铃薯中克隆了AN1基因,两者基因序列一致,CDS为777bp,编码258个氨基酸,含有R2R3-MYB结构域。半定量分析表明其在B-5中的表达量较DM高,GA3和蔗糖处理马铃薯B-5能诱导叶片和叶脉中花青素合成,GA3、蔗糖以及低温处理均能使AN1基因的表达量升高。
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