随着国际互联网的飞速发展，网络对社会、经济、政治、文化的影响日益广泛且深刻。人类社会已经由信息的匮乏时代进入到信息极度饱和的时代。本文在分析国内外信息生态理论研究现状的基础上，从信息生态因子的角度界定了商务网站信息生态系统的内涵，解释了运用生态学理论来解决电子商务领域中的信息生态环境问题研究的原因和可行性。并为增加电子商务核心竞争力提供新的研究视角。为研究商务网站信息生态系统的构建和运行机制，在详细阐释了相关理论基础——生态学、信息生态学、信息生态系统、商务网站等之后，结合“天人合一”的思想、“中庸之道”、“阴阳学说”、“五行学说”等古代思想，批判性的吸收其精华部分，为构建商务网站信息生态系统的模型和运行机制提供创新思想，分析完理论研究的基础上，本文选取B2B商务网站的典型——阿里巴巴为案例，进行了详细的实践论证。将理论研究转化为实践价值，为推动信息生态理论的完善、解决当前信息生态环境失衡问题以及电子商务的有效开展提供了一定的研究价值。