微孢子虫是一类专性细胞内寄生的病原微生物，它能寄生于包括人在内几乎所有的动物体内。家蚕微孢子虫能感染家蚕引起家蚕微粒子病，是蚕业生产上一种重点控制的蚕病。家蚕微孢子虫蛋白质组学研究以总蛋白为研究对象，主要采用双向电泳技术、质谱技术以及生物信息学技术，获得家蚕微孢子虫蛋白质双向电泳参考图，通过质谱分析，鉴定蛋白质，以期找到与微孢子虫侵染、增殖及代谢等重要生理过程相关的蛋白质，为家蚕微孢子虫的基础研究积累更多的知识。1．成熟家蚕微孢子虫总蛋白提取方法的建立。提取家蚕微孢子虫蛋白质的方法主要有化学与物理的方法，化学方法是利用0.1mol／L K₂CO₃溶液在27℃条件下刺激微孢子虫弹出极管，释放出的孢原质破裂，然后获取蛋白质，此方法简单且提取的蛋白质含量较丰富，但样品中含有大量的盐离子。物理方法主要是采用液氮反复冻融结合研磨，破碎几丁质外壁，用蛋白质抽提液抽提，从而得到蛋白质，此方法较烦琐，但得到的蛋白质含量丰富且样品中盐离子浓度极低，适用于双向电泳，且电泳效果较好。2．家蚕微孢子虫双向电泳参考图谱的建立。通过双向电泳，我们得到一张比较完整的家蚕微孢子虫蛋白质图谱，通过Image master软件分析，可识别的蛋白点有267个。多数蛋白质分子量集中在45KD以下，各pH段都有分布，小分子量蛋白质种类丰富，而大分子量的蛋白质含量较少，特别是碱性区域的大分子量蛋白质极少。3．家蚕微孢子虫本地蛋白质检索数据库的建立及蛋白质谱鉴定。根据家蚕微孢子虫全基因组数据预测出的编码序列，利用GPMAW软件，建立本地蛋白质数据库。从双向电泳图谱共挖点295个（包括重复挖点），通过MALDI-TOF-MS鉴定出的蛋白质点有80个，除去重复后的蛋白质点有50个，其中有功能信息的蛋白质有28个，hypothetical protein有9个，未知蛋白有13个。对有功能信息的蛋白质进行分析，发现其功能涉及到微孢子虫的基本生理活动，包括蛋白质代谢、转录、转座、细胞骨架、细胞修复、死亡、老化、细胞生长、胞内信号传导、蛋白质合成等。结论：通过SDS-PAGE，双向电泳，MALDI-TOF-MS等技术的鉴定分析，我们初步得到了家蚕微孢子虫的蛋白质组双向电泳图谱，同时鉴定了50个蛋白质点，其中包含了一些与重要生理功能相关的蛋白质，建立了微孢子虫双向电泳分析及质谱分析的技术平台，为今后微孢子虫的蛋白质组学深入系统研究打下了坚实基石出。