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在2014年4月至10月调查研究期间，呼兰河口湿地共鉴定出水生微型生物10门16纲41目77科224属，共413类别。其中原生动物有93种，轮虫类有8种，枝角类有26种，桡足类有22种，藻类有173种，水生昆虫9种，其他水生微型生物共11种。呼兰河口湿地公园内微型生物年均密度为117048ind./L。夏季>秋季>春季。呼兰河口湿地公园外农田微型生物年均密度为37508ind./L，秋季>夏季>春季。呼兰河口湿地公园内共鉴定出优势种/优势类群12种。呼兰河口湿地公园外农田共鉴定出优势种/优势类群18种。利用四种DNA探针对两地进行细菌群落检测。 呼兰河口湿地公园内 Pielou均匀度指数平均值为0.68。Margalef丰富度指数平均值为10.50。Shannon-Wiener多样性指数平均值为3.21。呼兰河口湿地公园外农田 Pielou均匀度指数平均值为0.74。Margalef丰富度指数平均值为8.01。Shannon-Wiener多样性指数平均值为3.18。通过聚类分析将各月份呼兰河口湿地公园内微型生物群落分为5组，呼兰河口湿地公园外农田微型生物群落分为6组。 呼兰河口湿地公园内的平均温度为15.6℃，呼兰河口湿地公园外农田平均温度13.5℃。呼兰河口湿地公园内平均 pH值为6.77，呼兰河口湿地公园外农平均pH值为6.83。呼兰河口湿地公园内的总氮量平均值为4.21mg/L。呼兰河口湿地公园外农田的总氮量平均值为3.24mg/L。呼兰河口湿地公园内平均电导率为485.17uS/cm。呼兰河口湿地公园外农田平均电导率为504.28uS/cm。呼兰河口湿地公园内平均溶解氧为6.38mg/L，呼兰河口湿地公园外农田平均溶解氧4.79mg/L。 利用SPSS17.0分析结果显示，呼兰河口湿地公园内细菌群落丰度与总氮呈负相关。聚磷菌与桡足类丰度和枝角类丰度呈极显著相关和显著相关。水温、电导率是影响呼兰河口湿地公园内微型生物群落结构及丰度的最大环境因子。呼兰河口湿地公园外农田细菌群体总体与溶解氧呈显著相关，与轮虫类物种数量、轮虫类丰度呈显著负相关。水温、pH值和溶解氧是影响呼兰河口湿地公园外农田微型生物群落结构及丰度的最大环境因子。