本研究主要通过对性能优良的棉籽粕发酵菌株进行筛选鉴定,同时确定其最适发酵工艺参数条件,并测定发酵后活性产物如氨基酸、酶类、小肽、有机酸等,来阐明复合发酵对棉籽粕脱毒效果及营养价值的影响,从而为发酵棉籽粕菌种的选择和应用提供科学参考,为棉籽粕资源的充分有效利用提供更为有力的理论支持和指导。试验共分为三个部分：第一部分是发酵棉籽粕效果优良菌株的筛选、鉴定及其发酵效果的研究。通过以棉酚为唯一碳源的选择培养基进行耐受性筛选及高浓度棉酚驯化培养得到三株发酵效果优良菌株,分别为毛霉菌目毛霉菌科根霉菌属稻根霉菌(Rhizopus oryzae),酵母菌目酵母菌科假丝酵母属橄榄假丝酵母(Candida oleophila),酵母菌目酵母菌科克勒克酵母属lindneri (Kloeckera lindneri).三株菌单独及组合发酵结果表明：与发酵前相比,底物中游离棉酚(Free gossypol, FG)含量显著降低(P<0.05),粗蛋白(Crude protein, CP)含量显著提高(P<0.05)。三菌种复合发酵效果最优：FG降解率为66.86%,CP提高率为19.36%。第二部分是复合发酵棉籽粕发酵脱毒工艺的优化研究.以FG含量和CP含量为指标,分别研究不同糖源,氮源,初始含水量,接种比例,接种量,温度及时间对发酵效果的影响,试验最终获得一套最适发酵工艺参数：底物组成为棉籽粕70%、玉米20%、糖蜜10%,添加3%硫酸铵,底物与水比例为1：0.6,接种比例为3：3：2,接种量为5%,温度为30℃,发酵时间48h-54h,自然pH。第三部分研究了复合发酵对棉籽粕底物活性产物生成的影响。试验结果表明：发酵后棉籽粕底物中总氨基酸和必需氨基酸含量分别提高8.83%和7.58%；发酵54h-60h时底物中蛋白酶活力最高(酸性蛋白酶活力为931.58U／g,中性蛋白酶活力为1097.79U／g,碱性蛋白酶活力为798.62U／g),纤维素酶活力最高(滤纸酶活力为1601.66 U／g,Cx酶活力为3590.02U／g,Cl酶活力为1685.35U／g),淀粉酶活力最高为578.05U／g；同时发酵过程产生了一定量的有机酸。