当前,无论是区域内还是区域间发展均面临着改善生态环境发展状况、促进经济增长动力转换及提升经济、生态发展的协同性的压力。这些问题的解决对产业系统的发展给出了新的要求。区域间产业生态经济系统的建设是实现经济、生态高水平协同创造的有效途径,“跨区域协同”是产业系统建设过程中对要素在区域间流动配置方式的要求。跨区域协同优化反映了要素配置效率提升与经济、生态协同发展的统一。因此,研究产业生态经济系统的跨区域协同发展现状、通过要素流动配置分析产业系统协同优化问题,可以为区域间绿色健康发展提供理论和实际支撑。本文以长江经济带产业生态经济系统的跨区域协同为研究对象,首先,通过文献梳理,系统的分析了产业生态经济系统和跨区域协同优化的内涵以及对其评价和优化的方法。其次,从经济发展和生态环境两个角度研究了长江经济带发展现状及其存在的问题。再次,从“公平”与“效率”的角度,以GDP增长速率、产业生态化发展效率和人均GDP的变异系数为指标,评价长江经济带产业生态经济系统跨区域协同现状,确定该区域协同发展中的不足之处。最后,结合评价结果,构建了跨区域协同优化的系统动力学模型。基于系统的内部运作机理,将模型分为经济、资源及环境子系统;从“公平”和“效率”的角度设置系统动力学的目标情景,分为基准情景、红色情景、蓝色情景和绿色情景。通过仿真模拟得出最优的要素配置及区域发展模式。本文基于“公平”和“效率”的角度对产业生态经济系统跨区域协同现状进行评价得出,长江经济带上中下游区域存在产业生态化发展效率差距较大、各区域产业发展水平的均衡性存在较大提升空间、区域经济发展水平的高低与产业生态化发展目标间并没有形成正相关关系等问题。基于SD模型要素流动配置优化分析得出,可以通过跨区域要素流动配置促进生态价值与经济价值的高水平协同创造,经济保持中高速增长,产业生态化发展效率和区域间产业发展水平的均衡性显著提高。最后,从提升要素配置效率及促进跨区域协同等方面提出跨区域协同优化建议。