近年,随着自然灾害发生情况的日趋复杂性和发展的跨区域性,政府灾后重建工作的顺利开展难度逐步加大。灾后重建过程的复杂性、艰巨性,对于重建资金与物资的急需,重建工程的庞大性以及经济社会发展的关联紧密性,使得地方政府不得不通过合作的方式来实施灾后重建。从世界范围来看,增强地方政府间的协调性合作是世界各国灾害应对体制改革发展的重要趋势之一。成功的应对及妥善处理突发性公共事件并开展有效的灾后重建工作已成为我国政府不得不面对的问题。将政府间合作融入到灾后重建的背景下,就是实现政府间合作由临时性逐渐转变为被社会所认同,并成为一种常态性模式吸纳到政府改革进程中,进而推动政府危机应对能力的提升。我国地方政府间合作在改革开放30多年得到了长足的进步,由于体制和制度上的种种缺陷和弊端,没有形成科学、完善的地方政府间合作机制,导致我国地方政府间合作仍存在一些问题,不能高效有序的合作。本文本着发现问题—分析问题—解决问题的社会学研究思路,运用合作收益分析框架,通过对我国灾后重建中以中央政府为主导的横向地方政府间合作存在的问题及形成原因展开剖析,认为我国目前灾后重建横向地方政府间不能进行良好合作的原因在于：地方政府缺少积极主动的合作意识：缺乏相应的法律法规；缺少制度化的政府合作机构；缺乏信息共享机制；缺乏利益共享机制,这是合作难以达成的最根本原因。进而针对灾后重建横向地方政府间合作存在的问题提出完善政府间合作机制的建议,提出建立以中央政府为主导的民主协商和合作机制,构建民主协商机制、社会信任机制、信息共享机制、资金共筹机制、监督约束机制、合作考核机制六种灾后重建地方政府间合作机制。