为进一步加强农村卫生工作，减轻农民疾病经济负担，缓解农民因病致贫、因病返贫问题，2002年10月《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》中明确指出：“各级政府要积极组织引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度，重点解决农民因患传染病、地方病等大病而出现的因病致贫、返贫问题。”2003年7月，新型农村合作医疗试点工作在全国展开。新型农村合作医疗制度是相对于传统合作医疗制度而言的，它是由政府组织、引导、支持，农村居民自愿参加，集体和政府多方筹资为主要内容的农村医疗互助共济制度。本文根据卫生部提供的数据分析2004年-2008年度各地区新型农村合作医疗的试点运行情况。截止到2008年12月31日，全国开展新型农村合作医疗试点的县(市、区)达到2729个，占全国总县(市、区)的100％；参加合作医疗的人口8.15亿，参合率为91.53％。农业人口参合率稳步提高，从2004年的75.20％提高到2006年的91.53％。人均筹资额也逐年增加，从2004年的49.91元提高到2008年的116.85元。总体受益率在66％以上。 在试点的这几年间，新型农村合作医疗制度建设取得了一定的成效：形成了制度基本框架；密切了党群干群关系；引导了合理的就医流向；增强了农民健康意识，使参合农民真正得到了实惠；健全了农村公共卫生网络；促进了医疗卫生机构改善服务质量和农村卫生配套改革。 但随着试点工作的逐步深入，也发现新型农村合作医疗存在着很多问题：首先是在制度设计方面存在着自愿参加原则与高参合率要求、低筹资水平与高补偿愿望、统筹大病为主与扩大受益面、定点医院费用高昂与合作医疗基金有限等矛盾问题；其次是未建立起稳定的长效筹资机制，筹资困难，筹资成本高，资金监管混乱，缴费模式单一；再次是管理资源短缺，管理能力建设亟待加强；最后是监督管理不规范，医疗机构服务水平低。 针对这些问题，提出准确定位新型农村合作医疗，强化国家和政府责任；建立科学稳定的筹资机制，探索多种筹资渠道；健全管理监督机制；加强医疗机构规范管理等建议。