南京曾是中华民国临时政府首都,一度也是同盟会总部所在,但北洋时期的南京国民党却步履艰难,组织涣散,党员寥寥,难见活动。中共成立以后,在共产国际的推动下展开国共合作,南京的国民党才彻底改观。国共两党早在国民党一大召开以前就已有过接触,在合作以后成立了南京市党部。不过国民党内部反对容共的大有人在,联合起来抵制、破坏南京的国共合作。因为国民党右派的的阻挠,国共两党在南京的合作从一开始就蒙上了阴影,即便如此,国民革命还是取得了很大成绩。在国共两党的联手运作下,迅速动员、整合了南京各界民众力量,推动了声援五卅惨案、南京和记惨案的反帝运动。国共两党也在合作中获益颇多,南京的国共两党组织迅速壮大,吸纳了大批党员,注入了新的活力。随着国民革命的深入,国民党内反对的声音也越来越大,南京的右派两度分裂出去,单独成立南京市党部,与中共和左派对抗。由于地处南京,右派的行为得到了西山会议派的支持,而广州中央对此鞭长莫及,南京也同时有两家市党部并存。终于这种分裂在北伐战争扩展到长江流域后爆发,蒋介石决心全面“清党”,纵容、默许部下在南京发动“四一○事件”,并建立了南京国民政府,另立中央,此举为国民党后续的大规模清党披上了合法外衣,也给南京的国民党员带来了巨大的伤害。通过北伐和“清党”,国民党由革命党转型为执政党,但是国民党内的分歧与争夺并未因此弥合,反而呈现愈演愈烈之势。国民党转型为执政党,面临着更大的挑战和困境。南京作为首都,被卷入国民党内的派系斗争在所难免,南京市党部也确在国民党内派系斗争中扮演了重要角色。蒋介石在南京建立国民政府不久,随即下野,宁、汉、沪三方妥协,推出特别委员会作为过渡机关。南京市党部对于特委会并非真心支持拥护,发生在南京的“一一二二惨案”成为特委会下台的导火索,南京市党部乘此机会联合各界力量,要求特委会下台,成为压垮特委会的“最后一根稻草”。1928年初,国民党召开二届四中全会,蒋介石复职。汪精卫等人在此次斗争中没有获得任何政治资本,由陈公博主导发起声势浩大的改组国民党运动,并成立“改组同志会”。改组派以激进的面貌出现,赢得大批底层年轻党员支持,南京市党部的多数党员都是改组派信徒。1929年3月,由于不满蒋介石直接圈定大会代表的做法,南京改组派积极掀起反对三全大会运动,引发激烈冲突,最终酿成“三一四事件”。南京中央于是从组织和宣传两方面进行反击,并安排CC系渗透入南京市党部,逐渐掌握市党部权力,使南京市党部成为驯服的基层党部。综上所述,国民党从革命党向执政党的转型,不是一蹴而就的,政党的转型需要成本。从国民党中央到基层党部都面临着转型问题。国民党执政以后,市党部内持不同政见者大有人在,经过特委会、改组派和CC系的角逐,最终由亲蒋的CC系把持了南京市党部。国民党成为全国的执政党,经历了一个复杂斗争的过程,只有当南京市党部和其他基层党部一样,与国民党中央保持一致,国民党的转型才宣告完成。然而,“清党”和执政后的派系斗争,一来造成国民党组织力量涣散、分裂,二来造成党内意识形态混乱,“党格”分裂,这种以分裂为代价的转型,给国民党带来的伤害是显而易见的。终国民党执政22年,都未能弥合这种伤害。从一定程度上说,国民党转型的成本太高,这种不成功的转型也是国民党丢失大陆的远因之一。