从我国自贸试验区投资纠纷的类型以及投资争端的特征切入分析,阐述了我国自贸试验区现行的投资争端不同于自贸试验区外投资争端的地方,并进一步分析自贸试验区在仲裁路径的现行规定;结合自贸试验区投资争端的特征分析了仲裁管辖、仲裁机构的选择、仲裁法律适用、仲裁程序等方面存在的问题。表现在仲裁管辖权上的问题是自贸试验区专属性投资纠纷的仲裁管辖问题,以及面临ICSID的管辖权扩大化的问题。鉴于自贸试验区专属性投资纠纷的仲裁管辖未被规定在现行的任何一部BIT中,故其不存在相应的国家义务,其管辖权问题虽为空白,但可塑性很强,依据日后的投资协议以及BIT可进行修正。自贸试验区专属性投资争端涉及更多的国家利益,一味的接受ICSID管辖在实践层面并不利于国家权益的维护,对其管辖权限做出限定很有必要,通过BIT对“投资”等做出明确的界定可防止其扩大管辖权。对于自贸试验区内外均有的投资争端,现有的BIT几乎在管辖层面做出了规定,鉴于仲裁管辖机构的可选择性,将争端纳入我国仲裁体系下解决更为有利,故提升我国现有的仲裁服务水平不失为正确的努力方向。仲裁机构上,面临着ICSDI的强制管辖权与用尽我国司法救济和行政救济的协调。故我国的外资法以及日后订立BIT,应规定以“用尽东道国救济”为条件,适当的限制强制性仲裁,不直接提交ICSID,可规定先用尽我国的司法救济和行政救济,经由我国国内救济后仍无法解决的,才可提请ICSID;明确排除我国具有专属管辖权的投资争端提交国际强制仲裁;并充分利用“例外条款”,对损害国家安全、生态环境、社会公共利的投资活动,不得纳入投资争端的范畴。在仲裁程序上,自贸试验区的仲裁规则做出了的创新性规定涉及仲裁效率与成本的挑战,诸如临时措施的双重决定与双重审核,故自贸试验区现有仲裁规则仍需进一步完善,不能直接照搬国际模式。同时,我国对外签署的BIT允许临时仲裁模式的选择,故我国引进临时仲裁机构值得在自贸试验区内试点运行。在仲裁的法律适用上,面临着部分BIT中法律适用条款的缺位,以及自贸试验区专属性投资纠纷无法从BIT中寻求法律适用的依据。这些弊端导致我国自贸试验区私人与政府间投资争端无法很好地解决,投资纠纷政治化的趋势会接踵而至,影响我国自贸试验区接轨国际投资规则的规划以及提升贸易自由化的目标,更会危机投资者母国与我国政府间的和谐贸易和国家安全。故BIT中应将法律适用条款成为必备条款,对于自贸试验区专属性投资纠纷,提交国际仲裁时,应以我国法律应作为仲裁的唯一适用法律等。