林麝肠道寄生虫和菌群是长期进化过程中形成的共生生物,不仅关系到林麝的营养生理过程与健康状态而且也是林麝生物学特征的重要组成部分,然而,迄今尚缺乏此方面的量化研究。我国自上世纪中叶开展林麝的饲养繁育,旨在培育人工种群并解决中医药原料麝香的可持续来源问题,同时,鉴于近几十年野生林麝分布区严重退缩,种群数量锐减,因而饲养林麝种群还承担着野生种群恢复即重引入种源的艰巨任务。历经近六十年的探索,我国饲养林麝取得了诸多进展,但饲养种群长期处于缓慢增长乃至徘徊的状态。显然,缺乏林麝生物学特征的深入研究是其中的重要因素。鉴于此,本研究采用粪便寄生虫卵定量检测方法和高通量测序方法,研究在圈养条件下林麝肠道寄生虫和菌群的动态变化并尝试揭示其健康状态的指示作用。主要研究结果为:1.鉴于目前尚无一种通用的粪便寄生虫检测的保存方法和漂浮方法,本研究采用冷冻、福尔马林、酒精三种保存方法和饱和氯化钠、饱和硝酸钠、饱和硫酸镁三种漂浮溶液方法,并遴选针对林麝粪便中线虫卵及球虫卵检测的最优组合方案。经麦克马斯特计数法镜检分析得出,线虫卵的检出效果表明,保存方法和漂浮溶液间的交互作用不显著,但漂浮溶液间的差异显著(P<0.01),硝酸钠溶液的漂浮效果最好;冷冻保存和硝酸钠溶液漂浮法的组合检出的粪便线虫卵平均值(EPG=209.38±67.8)高于其它处理组合;球虫卵的检测效果表明,保存方法和漂浮溶液间存在显著的交互效应(P<0.01),福尔马林保存和氯化钠溶液漂浮的组合所检测的粪便线虫卵平均值(EPG=1010.714±162.271)最高。因此,线虫的最适检测组合为冷冻保存和硝酸钠漂浮液;而福尔马林保存和氯化钠漂浮法最适合球虫。2.按春季、夏季及冬季系统采集了秦岭地区和四川西部山地三个麝场的林麝粪便,采用本研究优化的粪便保存和漂浮方法,应用麦克马斯特计数法计数粪便虫卵量。结果表明,共发现林麝粪便存在五类肠道寄生虫,即艾美尔球虫、类圆线虫、蛔虫、鞭虫、绦虫,艾美尔球虫是优势种(OPG=1273.7±256.3)。寄生虫类群的比较分析得出,艾美尔球虫感染强度与类圆线虫呈显著正相关的关系(r=0.336,P<0.001),而与莫尼茨绦虫呈显著负相关的关系(r=-0.375,P=0.003),说明不同种类的寄生虫间存在着共生或竞争的关系。艾美尔球虫和类圆线虫表现出低水平的聚集度和很高的感染强度,说明这两类寄生虫在整个宿主种群的感染状况比较严重,预示着宿主-寄生虫关系或许已经不再稳定,有爆发寄生虫病的危险。而鞭虫、蛔虫和莫尼茨绦虫较高水平的聚集度则说明宿主种群中存在着一些免疫力较差,且有着较强寄生虫传播潜力的个体,需要对这些个体特别的管护。同时,本研究还发现,季节和地域能显著影响寄生虫的多样性、感染强度、聚集度和群落结构,而对于感染率的影响则较为有限。3.采用酶联免疫吸附法测定粪便甲状腺激素的浓度,采用麦克马斯特计数法测定粪便寄生虫的卵量,并分析林麝肠道寄生虫感染与宿主能量代谢水平之间的关系。粪便甲状腺激素测定结果表明,雌麝的粪便甲状腺激素水平显著的高于雄麝(P<0.01),说明林麝存在能量代谢的性别差异;高海拔麝场的林麝粪便甲状腺激素显著高于低海拔麝场的林麝(P<0.05),说明高低海拔的低温导致林麝的能量代谢负荷更高;同时,林麝粪便甲状腺激素表现出显著的年龄相关性,年龄越大,甲状腺激素水平越低。粪便寄生虫感染强度与年龄的比较表明,两者呈现显著的负相关(P<0.01),说明成年个体较之未成年个体具有更为完善的寄生虫免疫力。粪便寄生虫感染率与粪便甲状腺激素水平的比较表明,两者呈显著的正相关性(P<0.05),说明寄生虫感染造成的额外能量消耗导致了甲状腺激素分泌的增加,提高了林麝的能量代谢负荷。4.分别采集林麝和马麝的成体和亚成体的粪样,采用高通量测序技术,扩增细菌的16S rRNA基因并测序,获得粪便菌群的结构、组成和多样性信息。结果表明,林麝与马麝的肠道菌群在门水平是相似的,但不同细菌门的相对丰富在两种宿主间有着显著差异(P<0.05);在属水平,林麝与马麝的肠道菌群无论在属的种类上,还是属的相对丰度上,均有着显著差异(P<0.05);所有个体的肠道菌群优势门均是厚壁菌门和拟杆菌门,而且林麝的菌群多样性显著高于马麝(P<0.01);成麝的厚壁菌与拟杆菌比率显著的高于亚成麝,且菌群多样性、组内相似度和组间相似度均随着年龄的增加而上升。本研究结果揭示出林麝和马麝的肠道菌群差异以及与年龄的相关性。综上所述,本论文建立了林麝粪便寄生虫卵的定量检测方法,并据此分析了林麝感染的肠道寄生虫流行病学信息以及混合感染模式,探讨了寄生虫感染与机体甲状腺激素水平的相关性;揭示了林麝肠道菌群的结构及多样性并探讨了年龄对其的影响,并与其近源种马麝的肠道菌群做了比较分析。研究结果不仅丰富了林麝和马麝的基础研究数据,也可为分析林麝的健康状态提供参照系,用于判定肠道寄生虫和菌群异常所导致的疾病,因此可成为林麝饲养种群的寄生虫和菌群监测及饲养管护的理论依据。