苦瓜为葫芦科苦瓜属植物,在我国有几百年的栽培历史,形成了丰富的遗传多样性。这些性状为选育优良品种提供了丰富的原材料,同时也给种质资源的保存利用与种质评价带来了很多问题,为此,迫切需要开展苦瓜核心种质的构建与评价的研究工作,为优良种质资源的优良性状的利用和保存提供理论基础。本研究分别利用形态学标记以及分子标记,结合遗传多样性分析,在244份苦瓜材料中筛选出71份材料,形成了苦瓜的核心种质。其主要结论如下：1.利用244份苦瓜材料,以收集到的22个苦瓜形态学性状数据为基础,比较了以果实形状为分类标准下的24种取样方案,通过比较各个方案的4个重要评价参数,筛选出最优方案为：在20%的总体取样规模下采用逐步聚类分析法按照对数比例在组内取样,形成预选核心种质,然后对比原种质的各个性状,对丢失的性状加以补充,最终确定了含有50份材料的基于形态学数据的初选苦瓜核心种质。2.利用引物N6和苦瓜材料MC9采用L16(45)正交设计实验对苦瓜SSR-PCR反应体系进行优化。并通过正交设计直观分析法对Mg2+浓度、dNTPs浓度、Taq聚合酶量进行了单因素确定。实验结果表明,苦瓜SSR-PCR反应体系中包含1μL10×PCR buffer, Mg2+浓度为1.75mmol/L, dNTPs浓度为0.25mmol/L, DNA100ng,引物0.20 mmol/L,Taq DNA聚合酶1U,ddH2O补足至10μL。3.利用18份表型性状差异较大的苦瓜种质的基因组DNA,在120对瓜类通用引物和苦瓜特异性引物中筛选出13对用于群体多样性分析,13对具有多态性的SSR引物扩增出89条带,其中有73条条带具有多态性,多态性条带百分百为82.02%。4.利用13对SSR引物对群体进行扩增,利用扩增结果建立“1”、“0”数据库矩阵,利用此数据库对苦瓜种质进行聚类压缩,结果表明在30%的压缩比例下可以最大程度的保留原始群体的遗传多样性,获得了含有73份材料的基于分子数据的初选苦瓜核心种质。5.整合基于分子和形态学数据的初选种质库,利用分子数据和形态学数据再次对其进行聚类压缩,结果表明,对整合后的种质资源进行压缩的最适比例为90%,最终获得了包含71份材料的最终苦瓜核心种质。