论文部分内容阅读
microRNA的调控是一个非常复杂的过程，该调控过程涉及到了大量的分子事件在时间和空间的协同作用。是否这种复杂的调控过程会限制哺乳动物microRNA的靶基因在染色体上的分布仍然是未知的。这里，我们进行了一个全基因组范围的分析并且提供了microRNA靶基因在染色体上组织分布特点。本文分析结果显示了哺乳动物的microRNA靶基因在染色体上聚集分布的证据。我们发现大多数microRNA的靶基因聚集在特定的染色体和染色体区段上并且倾向于聚集在染色体距离～1Mb的范围内。并且发现，如果mirRNA的位置在染色体上是相邻的，那么他们的靶基因也倾向于聚集在相同的染色体和染色体区段上。靶基因聚集在某一个染色体或染色体区段上的microRNA的个数越多，该染色体上或染色体区段上的基因密度就倾向于越大，而且这种相关性是在哺乳动物中是保守的。我们的结果显示了micrRNA调控所限制了基因在染色体上的组织分布。这种聚集分布会为我们研究复杂的miroRNA调控提供了一定的基础和视角。对于microRNA所调控的疾病基因在染色体上的聚集情况我们也进行了系统的分析和研究，经过分析我们挖掘出了一些与癌症相关的染色区域和microRNA。同时，对于多个物种中分析得到的结果，我们开发了MTGCFinder，一个用于挖掘microRNA靶基因在染色体上富集聚簇的在线工具。MTGCFinder提供了滑动窗算法来实现染色体上靶基因聚簇区域的挖掘，并且根据研究问题的需要，用户可以自定义滑动窗窗口的大小。同时，还提供了多物种中microRNA调控的所有靶基因在染色体及染色体区段上的富集情况的查询。为深入研究microRNA与人类癌症的关系，MTGCFinder也能够挖掘癌症相关microRNA调控的靶基因在染色体上的富集区域，有助于对癌症的发生、发展、诊断、愈后研究。此外，MTGCFinder给用户一个良好的可视化结果页面。