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国家重点生态功能区是影响国家生态安全和经济社会可持续发展的重要地区。评估国家重点生态功能区的生态保护成效，对全面加强区域生态保护工作、提升区域生态质量和经济社会可持续发展，具有深远的战略意义和重大的现实意义。本文以国家重点生态功能区—四川省甘孜藏族自治州（简称甘孜州）、贵州省习水县为例，探讨以生态系统生产总值(Gross Ecosystem Product，GEP)核算为手段，评估国家重点生态功能区生态保护成效的方法;通过构建国家重点生态功能区生态系统生产总值核算指标、核算体系，核算研究区生态系统生产总值(GEP)，分析研究区生态系统格局、质量以及GEP的十年变化，以期评估它们的生态保护成效。主要研究结果如下: (1)2010年，甘孜州、习水县的GEP分别为5291.54亿元、223.35亿元，为各自当年GDP的43.08倍和4.34倍;甘孜州、习水县的单位面积GEP分别为353.51万元/平方公里、726.33万元/平方公里。 (2)2000～2010年，甘孜州、习水县的GEP总值和单位面积GEP总值均呈增长趋势，增幅分别为4.34％、20.42％。 (3)习水县总体的生态状况优于甘孜州:2010年，习水县单位面积GEP高于甘孜州，且习水县森林、草地、农田和湿地的单位面积GEP也均高于甘孜州。 (4)习水县的生态保护成效较甘孜州显著:2000～2010年，习水县森林、草地生态系统面积的增幅、以及质量等级为中级以上的森林、草地面积的增幅均大于甘孜州;习水县单位面积GEP的增幅大于甘孜州，且习水县森林、草地、农田和湿地生态系统的单位面积价值增幅也均大于甘孜州。 (5)总体上，甘孜州、习水县的生态保护成效呈现良好，10年间两个研究区生态系统的生态状况都得到了逐步改善，且它们的生态产品供给能力以及生态服务提供能力都逐步增强。 评估结果可以作为国家重点生态功能区生态系统管理、生态保护以及生态补偿的重要依据。此外，本文还进一步探究了生态系统格局变化的驱动因素，以便揭示生态系统服务价值变化的根源，从而可以有效保护生态环境，实现区域经济发展与生态建设相协调。