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本研究利用国内8个公牛站的692头中国荷斯坦牛种公牛的129207条采精记录为试验材料,利用Bovine50K芯片的41888个SNIPs,应用GAPIT软件,首次对中国荷斯坦牛种公牛的5个精液性状进行了全基因组关联分析;并基于全基因组关联分析结果,选取2个候选基因,进行SNPs筛查及与种公牛精液性状的关联分析。研究结果如下：1、应用GAPIT软件在线分析模块,基于41188个SNPs,对中国荷斯坦牛种公牛的5个精液性状进行了全基因组关联分析。结果显示,19个影响精液性状的SNPs达到经验阈值显著性水平,这些SNPs位于20个已知基因内部或附近。并且,综合全基因关联分析结果和基因的生物学功能,ETNK1, PDE3A, PDGFRB, CSF1R, WT1,RUNX2, SOD1 和 DSCAML1等8个新发现的基因可作为影响公牛精液性状的候选基因,该研究结果可作为深入研究中国荷斯坦牛种公牛精液性状的遗传机制及标记辅助选择的基础。2、基于全基因组关联分析的结果,利用混池DNA直接测序技术,本研究选取CSF1R基因和ETNK1基因,对中国荷斯坦牛种公牛进行了SNPs筛查。结果,在试验群体中,CSF1R基因共筛查出8个SNPs,与NCBI结果一致；ETNK1基因筛查出2个SNPs,其中1个为新发现SNIP。3、利用SNaPshot分型技术对所发现的10个SNPs进行了分型,采用SAS软件(9.3)的MIXED程序进行了SNPs与5个公牛精液性状(育种值)的关联分析。结果显示,CSF1R和ETNK1的10个SNPs至少与2个公牛精液性状相关联,且均与单次采精总精子数、单次采精总活精子数极显著关联(P<0.01)。同时CSF1R基因单倍型分析的结果与单标记分析的结果一致。4、经等位基因的加性效应、显性效应及替代效应分析后,CSF1R基因的rs210296215、rs43518642、rs 137825682及ETNK1基因的rs208064031与单次采精总精子数(NSPE)和单次采精总活精子数(NMSPE)显著关联(P<0.05)或极显著关联(P<0.01),其优势等位基因分别为C、G、A和G,这4个SNPs位点可作为NSPE和NMSPE的分子标记,经过进一步研究可用于种公牛分子标记辅助选择的育种方案中。