网络时代的发展使得大学生接受到的外来思想更加复杂，大学生是建设祖国的接班人，尤其对于新疆大学生来说，是维护我国西北安定的重要力量。面对与网络环境的复杂，各种社会思潮对于学生的主流意识影响较大，新疆大学生更要加强主流意识认同，积极应对网络时代的挑战。因此，本文在研究中，首先对大学生主流意识形态教育的理论进行了分析，在马克思主义意识形态理论和毛泽东思想及中国特色社会主义理论体系的分析之上，对新疆大学生加强主流意识认同的意义进行了研究。然后，调查了当前新疆大学生的思想认同成效，指出当前新疆大学生的总体主流思想认同情况较为良好，政治素养也不断提升，但是本文在实际的调查过程中，也发现新疆大学生在主流意识形态认同上存在困惑，在实践上能力不强，显示出了高校在主流意识形态教育上的缺失。最后，本文从大学生主流意识形态教育的理论阐述角度出发，联系实际，提出了加强新疆大学生主流意识认同的有效教育途径，在后续的思想教育工作中，要凸出高校教育的主阵地作用，创新并丰富新疆大学生主流意识形态教育的内容，发挥媒体的正面引导作用，并加大对于互联网的监管力度，从而来提高在网络时代下对新疆大学生主流意识认同的积极引导作用。