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由于过度捕捞、人为活动导致的全球气候变化等原因，自然界的水生生物资源急剧减少；另一方面，水产蛋白的需求不断增加。资源缺乏和全球人口的增长是粮食安全面临的重大挑战。因此节约资源和提高产量成为科研人员的重要研究课题。水产养殖是一种发展中的技术，为了满足市场的需求，每年水产品产量达数百万吨。目前水产养殖行业面临着许多问题，如生长速度慢、饲料转化率低和病害严重等，影响了水生生物产量。近几十年来通过常规育种的方法来提高产量，对重要性状有一定的改善。但是传统方法的缺点是费时、费力，影响了育种的效率。随着DNA测序技术的发展，在较短时间内获得分子标记并用于经济性状的改善成为可能，即分子标记辅助选择育种（MAS）。MAS需要预知性状相关的基因或调控该基因的位点和DNA序列。该技术已被应用于许多品种的养殖业，已在鲑鱼和罗非鱼的育种中有了显著的进展。鲤鱼(Cyprinus carpio L.)是一种重要的水产养殖物种,有超过四千年的养殖历史。DNA测序的进步和分子标记的发掘促进了鲤鱼遗传资源的快速发展，特别是遗传连锁图谱的构建。遗传连锁图作为基本的工具，主要是为了解控制重要性状的基因或位点，与经济性状相关的基因组区域被称为数量性状位点（QTL），QTL检测是分子标记辅助育种的基本要求。本论文利用不同的鲤鱼家系，鉴定获得了一些与生长性状相关的QTLs，比如身体体重（BW）、体长（BL）、条件因子（K）、生长率等等，以及和游泳能力相关的QTLs，包括身高（BH）、吻长（SL）、头长（HL）和尾长（TL）。体重和体长都是重要的经济性状，受基因和环境因素的影响。利用鲤鱼回交家系（BC1）获得的86个子代个体，被用来构建初步的QTL的遗传图谱，与体重、体长和K因子相关。遗传图谱构建利用了366个标记，包括175个SSR和191个SNP位点，覆盖50个连锁群，标记间平均距离为18.5cM。在10个连锁群上总共发现14个体重、体长和K因子相关的QTL。这些QTL中，3个QTLs（qBW8，qBL8和qK8）与体重、体长和K因子相关，定位到8号连锁群上。qBW8和qK8接近SNP位点HLJ2394，可以解释14.9%和20.9%的表型变异，而qBL8被确定在位点HLJ571的附近，可以解释表型变异的30.8%。此外，qBW13和qK13两个区间在LG13上，与体重和K因子相关，可以解释25.3%和20.9%的表型变异。qBW19和qBL19位于LG19上的SNP0626附近，与体重和体长相关，解释10.3%和15.6%的表型变异。其他7个与体重和体长相关的QTLs位于不同的连锁群上，置信区间为1.1～10cM。生长率是受QTL影响较大的重要经济性状之一，最近公布的鲤鱼完整的基因图谱有307个标记（包括109个SSR标记，31个EST-SSR标记和167个SNP标记）被用来定位生长率的QTL区间。对10月龄，11月龄和12月龄的鲤鱼进行测量，定位到3个连锁群（LG1，LG6和LG20）的7个QTL上。3个QTL具有显著性（qBW2-6，qBW3-6和qBW3-20，P＜0.001），4个QTL是可能关联的区间（qBW1-1，qBW1-6，qBW2-20和qBW3-1，P＜0.01）。在BW2和BW3相关的3个重要的QTL在LG6和LG20分别覆盖了18cM和41cM，qBW2-6，qBW3-6和qBW3-20分别可以解释变异的34.4%，32.1%和33.4%。4个可能影响BW1、BW2和BW3的QTL，分别在LG1、LG6和LG20上，解释性状变异的17.9%到26.7%。位于LG6上的影响BW1、BW2和BW3的QTL区间非常相似，表明这些位点可能在生长的早期阶段影响了生长基因的表达。我们确定了与游泳性状相关的QTLs（BH，HL，SL和TL),鲤鱼高密度遗传连锁图覆盖了50个连锁群上的3301cM，平均距离为5.6cM。对190个后代样本的627个分子标记进行基因分型，共获得15个QTL区间，包括4个BH区间（qBH13，qBH30，qBH33和qBH48），4个HL区间（qHL10，qHL18，qHL29和qHL48），3个SL区间（qSL24，qSL27和qSL45）和4个TL区间（qTL15, qTL17, qTL18,qTL44)，涵盖了13个连锁群，LG10, LG13, LG15, LG17, LG18, LG24, LG27, LG29,LG30, LG33, LG44, LG45和LG48。表型变异从12.6%至40.6%。5个QTL（qHL48,qSL45, qTL15, qTL18和qTL44）解释性状变异的20%（P值分别是0.047,0.049,0.037,0.025和0.023，其中相邻的位点可能是控制性状的主要区域。位于较小QTL区间的SNP标记对性状有重要的影响。因此，识别遗传图谱上的这些区域，是发现基鲤鱼性状相关基因的主要方式。这些发现将更好的阐述性状的遗传机制，并促进分子标记辅助育种和获得高产量的优良种质。