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为了解我国洞庭湖与鄱阳湖地区散养鸭场禽流感病毒(AIV)的流行情况,本研究在2014年冬季～2015年冬季对两湖地区周边的散养鸭群以及活禽市场的家禽进行了为期三个季度的AIV感染情况调查,通过测定所挑选的病毒的全基因序列,进行各基因片段的进化分析以及划分病毒的基因型,比较散养鸭场与活禽市场AIV的差异,研究我国两湖地区散养鸭群间AIV的流行特点。本研究在230户散养鸭场的6680份咽喉泄殖腔拭子以及1890份环境拭子中分离出329株阳性AIV,分离率为3.83%,分离的亚型有H3、H4、H5、H6、H7、H9、H10和H11；同时在活禽市场的2170份咽喉泄殖腔拭子以及170余份环境拭子中分离出473株阳性AIV,分离率为19.9%,分离的亚型有H1、H3、H4、H5、H6、H7、H9、H10和H11。比较鸭场与活禽市场毒株分离情况,发现活禽市场的亚型组合较多,洞庭湖地区比鄱阳湖地区的家鸭感染AIV更具多样性。对挑选的病毒进行HA基因氨基酸序列分析,结果显示所有亚型AIV的HA基因关键位点未出现倾向结合人源受体的氨基酸；对各基因片段进行进化分析,发现各亚型AIV具有明显的地域差异以及时空分布差异,并且显示出明显的异源性,多数养殖场来源毒株与市场来源毒株处于不同的进化分支；内部基因进化分析与毒株基因型结果表明鸭场与市场毒株发生了复杂的基因重排现象,其中部分散养鸭场的病毒在进化树中与早期在我国周边国家的野鸟中分离的毒株同源性较高。我国南方地区的散养鸭群呈高密度的放养模式,其在生长繁殖过程中,没有任何防护与隔离措施,而洞庭湖与鄱阳湖位于世界东亚-澳大利亚候鸟迁徙路线上,每年均有不同种类的野鸟来此地生存繁衍,散养的鸭群尤其是水禽与野鸟共享食物与水源,在这个过程中,AIV可能通过一系列基因重排产生新型流感毒株实现跨种间传播,成为流感大流行的隐患。本研究针对洞庭湖与鄱阳湖区与野鸟接触密切的散养鸭群进行一年二次的AIV监测,研究结果表明两湖地区的散养鸭群间AIV存在明显的地域性差异以及时空分布差异,且与活禽市场毒株具有不同来源,不同亚型AIV内部基因重排现象复杂,因此对两湖地区的持续监测对于研究AIV的传播机制和进化方向具有非常重要的意义。