在高校的管理中,科研人员的因素是最为重要的因素,高校管理的目的就是要最大限度地发挥科研人员的主观能动性,创造性的开展工作。运用有效的激励来调动、发展和提高他们的主观能动性、工作积极性和创新能力,因此建立对科研人员有效的激励机制就显得尤为重要。虽然,目前许多高校和相应机构在认识层面上对如何进行科研人员激励的理论问题作了大量的探讨,在实践层面上也对这种激励进行了运作并构建了它的机制,并且还在实践中不断探索。但认识与实践的局限性仍十分突出,还有许多的问题仍需求更深入的探讨。本文以提高高校科研人员创新积极性为出发点,运用委托代理理论,分析了高校科研人员创新激励中的特殊委托代理关系。在此基础上通过建立假设条件并设定了目标函数,构建了高校科研人员创新激励模型,通过模型的求解分析了两种产出函数下的激励效果,探讨了创新过程中影响高校管理层和科研人员行为的主要因素。根据模型讨论的结论,遵循民主与公平相结合、物质激励与精神激励相结合、外部激励与内部激励相结合和短期及激励和长期激励相结合的原则,从物质激励机制、精神激励机制两个方面设计了高校科研人员创新激励机制。结合激励机制的设计,从思想意识、保障实施和定期评价三方面对实施该机制的具体措施提出了可行的对策建议。