商业银行是一个国家金融体系的重要组成部分,甚至在国民经济中占据十分重要的地位,而对商业银行效率的研究也是在不断地深入和发展。我国商业银行在过去的十多年中经历了体制改革,市场化等自身的变革,也经受住了亚洲金融危机、外资银行进入等外来的考验,总结过去才能展望未来,对我国商业银行这十多年的长期效率研究显得十分迫切与重要。本文没有研究截面数据,而是通过我国商业银行的多年的时间序列数据,用窗口DEA方法来研究我国商业银行长期效率的变化,包括技术效率、纯技术效率和规模效率。结合银行具体的业务流程和两阶段生产过程的DEA模型建立了未考虑风险的商业银行两阶段模型和考虑风险的商业银行两阶段模型,并创造性地将窗口分析方法应用于两阶段DEA模型上,在应用过程中对窗口DEA方法当中的窗口宽度设定问题进行了探讨,又通过数学统计的方法对异常年份进行识别,并提出改进方法,对窗口DEA方法的后续研究提供了新的思路和方向。同时,本文也将投入“拥挤”的概念引入两阶段DEA模型当中,对两阶段DEA模型中如何进行“拥挤”判别以及如何调整两阶段的投入来改善效率进行了研究。最后,本文通过1994-2009年四大国有商业银行的数据和1999-2009年14家商业银行的数据进行了实证分析。